data_JY
#

_chem_comp.id                                   JY
_chem_comp.name                                 "3-(2-{4-[2-(5-HYDROXY-2-METHYLENE-CYCLOHEXYLIDENE)-ETHYLIDENE]-7A-METHYL-OCTAHYDRO-INDEN-1-YL}-PROPYL)-PHENOL"
_chem_comp.type                                 NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C28 H38 O2"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        "22-(M-HYDROXYPHENYL)-23,24,25,26,27-PENTANOR VITAMIN D3"
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2001-06-06
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2020-06-17
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       406.600
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    JY
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       1J7E
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
JY  O2    O2    O  0  1  N  N  N  36.710  122.661  -43.495  -1.534   2.043  -7.700  O2    JY   1  
JY  C1    C1    C  0  1  N  N  N  40.089  121.336  -42.111  -2.467  -0.648  -5.249  C1    JY   2  
JY  C2    C2    C  0  1  N  N  N  38.565  121.638  -42.177  -2.381   0.067  -6.601  C2    JY   3  
JY  C3    C3    C  0  1  N  N  S  38.129  122.607  -43.348  -1.490   1.303  -6.478  C3    JY   4  
JY  C4    C4    C  0  1  N  N  N  38.718  122.200  -44.734  -0.047   0.877  -6.192  C4    JY   5  
JY  C5    C5    C  0  1  N  N  N  40.214  121.861  -44.648  -0.037   0.048  -4.923  C5    JY   6  
JY  C6    C6    C  0  1  N  N  N  41.153  122.441  -45.579   0.864   0.265  -3.943  C6    JY   7  
JY  C7    C7    C  0  1  N  N  N  42.641  122.457  -45.334   0.842  -0.556  -2.731  C7    JY   8  
JY  C8    C8    C  0  1  N  N  N  43.607  122.384  -46.294   1.733  -0.341  -1.764  C8    JY   9  
JY  C9    C9    C  0  1  N  N  N  43.307  122.203  -47.805   2.797   0.742  -1.861  C9    JY  10  
JY  C10   C10   C  0  1  N  N  N  40.587  120.928  -43.498  -1.058  -1.013  -4.813  C10   JY  11  
JY  C11   C11   C  0  1  N  N  N  44.003  123.268  -48.693   2.807   1.604  -0.600  C11   JY  12  
JY  C12   C12   C  0  1  N  N  N  45.542  123.357  -48.414   2.823   0.746   0.676  C12   JY  13  
JY  C13   C13   C  0  1  N  N  R  45.885  123.578  -46.884   1.600  -0.133   0.664  C13   JY  14  
JY  C14   C14   C  0  1  N  N  S  45.123  122.500  -46.040   1.759  -1.151  -0.501  C14   JY  15  
JY  C15   C15   C  0  1  N  N  N  45.676  122.778  -44.583   0.567  -2.079  -0.255  C15   JY  16  
JY  C16   C16   C  0  1  N  N  N  47.155  123.245  -44.832   0.589  -2.264   1.288  C16   JY  17  
JY  C17   C17   C  0  1  N  N  R  47.333  123.155  -46.380   1.320  -1.023   1.865  C17   JY  18  
JY  C18   C18   C  0  1  N  N  N  45.419  125.060  -46.530   0.365   0.721   0.373  C18   JY  19  
JY  C19   C19   C  0  1  N  N  N  41.262  119.772  -43.710  -0.763  -2.228  -4.349  C19   JY  20  
JY  C20   C20   C  0  1  N  N  R  48.693  123.835  -46.915   0.423  -0.297   2.868  C20   JY  21  
JY  C21   C21   C  0  1  N  N  N  48.664  125.386  -46.888   1.134   0.960   3.372  C21   JY  22  
JY  C22   C22   C  0  1  N  N  N  49.119  123.387  -48.357   0.125  -1.222   4.050  C22   JY  23  
JY  C23   C23   C  0  1  Y  N  N  49.843  119.582  -48.517  -2.948   0.063   5.827  C23   JY  24  
JY  C24   C24   C  0  1  Y  N  N  51.252  119.550  -48.372  -2.389   0.806   6.850  C24   JY  25  
JY  C25   C25   C  0  1  Y  N  N  51.985  120.775  -48.219  -1.009   0.893   6.968  C25   JY  26  
JY  C26   C26   C  0  1  Y  N  N  51.276  122.006  -48.216  -0.194   0.230   6.061  C26   JY  27  
JY  C27   C27   C  0  1  Y  N  N  49.865  122.053  -48.361  -0.758  -0.506   5.038  C27   JY  28  
JY  C28   C28   C  0  1  Y  N  N  49.157  120.823  -48.512  -2.134  -0.591   4.922  C28   JY  29  
JY  O1    O1    O  0  1  N  N  N  53.336  120.709  -48.082  -0.457   1.622   7.973  O1    JY  30  
JY  HO21  1HO2  H  0  0  N  N  N  36.448  123.243  -44.198  -0.965   2.815  -7.579  HO21  JY  31  
JY  H11   1H1   H  0  1  N  N  N  40.335  120.575  -41.334  -2.923   0.012  -4.513  H11   JY  32  
JY  H12   2H1   H  0  1  N  N  N  40.670  122.189  -41.688  -3.065  -1.554  -5.351  H12   JY  33  
JY  H21   1H2   H  0  1  N  N  N  38.207  122.032  -41.197  -3.380   0.370  -6.915  H21   JY  34  
JY  H22   2H2   H  0  1  N  N  N  37.985  120.687  -42.227  -1.959  -0.610  -7.344  H22   JY  35  
JY  H31   1H3   H  0  1  N  N  N  38.534  123.602  -43.049  -1.852   1.930  -5.662  H31   JY  36  
JY  H41   1H4   H  0  1  N  N  N  38.525  122.985  -45.502   0.576   1.760  -6.058  H41   JY  37  
JY  H42   2H4   H  0  1  N  N  N  38.139  121.363  -45.189   0.331   0.281  -7.022  H42   JY  38  
JY  H61   1H6   H  0  1  N  N  N  40.725  122.881  -46.496   1.603   1.046  -4.053  H61   JY  39  
JY  H71   1H7   H  0  1  N  N  N  43.078  122.532  -44.324   0.104  -1.337  -2.622  H71   JY  40  
JY  H91   1H9   H  0  1  N  N  N  42.208  122.184  -47.993   3.774   0.276  -1.985  H91   JY  41  
JY  H92   2H9   H  0  1  N  N  N  43.567  121.172  -48.142   2.589   1.373  -2.725  H92   JY  42  
JY  H111  1H11  H  0  0  N  N  N  43.515  124.265  -48.585   3.692   2.240  -0.611  H111  JY  43  
JY  H112  2H11  H  0  0  N  N  N  43.799  123.088  -49.774   1.918   2.235  -0.594  H112  JY  44  
JY  H121  1H12  H  0  0  N  N  N  46.015  124.145  -49.045   3.716   0.123   0.692  H121  JY  45  
JY  H122  2H12  H  0  0  N  N  N  46.071  122.461  -48.814   2.804   1.391   1.555  H122  JY  46  
JY  H141  1H14  H  0  0  N  N  N  45.321  121.442  -46.331   2.698  -1.697  -0.414  H141  JY  47  
JY  H151  1H15  H  0  0  N  N  N  45.576  121.918  -43.880   0.710  -3.034  -0.761  H151  JY  48  
JY  H152  2H15  H  0  0  N  N  N  45.062  123.491  -43.985  -0.361  -1.607  -0.574  H152  JY  49  
JY  H161  1H16  H  0  0  N  N  N  47.917  122.675  -44.251   1.132  -3.173   1.548  H161  JY  50  
JY  H162  2H16  H  0  0  N  N  N  47.396  124.245  -44.402  -0.428  -2.311   1.673  H162  JY  51  
JY  H171  1H17  H  0  0  N  N  N  47.573  122.166  -46.835   2.255  -1.322   2.341  H171  JY  52  
JY  H181  1H18  H  0  0  N  N  N  44.350  125.259  -46.777   0.482   1.213  -0.591  H181  JY  53  
JY  H182  2H18  H  0  0  N  N  N  45.661  125.216  -45.453  -0.519   0.085   0.352  H182  JY  54  
JY  H183  3H18  H  0  0  N  N  N  45.861  125.835  -47.199   0.252   1.474   1.153  H183  JY  55  
JY  H191  1H19  H  0  0  N  N  N  41.621  119.478  -44.710   0.246  -2.460  -4.046  H191  JY  56  
JY  H192  2H19  H  0  0  N  N  N  41.531  119.098  -42.879  -1.535  -2.980  -4.276  H192  JY  57  
JY  H201  1H20  H  0  0  N  N  N  49.449  123.461  -46.186  -0.511  -0.015   2.382  H201  JY  58  
JY  H211  1H21  H  0  0  N  N  N  48.413  125.758  -45.867   2.069   0.679   3.857  H211  JY  59  
JY  H212  2H21  H  0  0  N  N  N  49.605  125.856  -47.258   1.346   1.619   2.530  H212  JY  60  
JY  H213  3H21  H  0  0  N  N  N  47.782  125.774  -47.450   0.495   1.478   4.086  H213  JY  61  
JY  H221  1H22  H  0  0  N  N  N  49.716  124.181  -48.863  -0.381  -2.118   3.691  H221  JY  62  
JY  H222  2H22  H  0  0  N  N  N  48.241  123.357  -49.043   1.059  -1.503   4.535  H222  JY  63  
JY  H231  1H23  H  0  0  N  N  N  49.280  118.641  -48.634  -4.022  -0.004   5.735  H231  JY  64  
JY  H241  1H24  H  0  0  N  N  N  51.774  118.579  -48.378  -3.025   1.318   7.556  H241  JY  65  
JY  H261  1H26  H  0  0  N  N  N  51.835  122.949  -48.098   0.879   0.295   6.151  H261  JY  66  
JY  H281  1H28  H  0  0  N  N  N  48.060  120.832  -48.627  -2.573  -1.171   4.124  H281  JY  67  
JY  HO11  1HO1  H  0  0  N  N  N  53.821  121.520  -47.981  -0.342   1.023   8.723  HO11  JY  68  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
JY  O2   C3    SING  N  N   1  
JY  O2   HO21  SING  N  N   2  
JY  C1   C2    SING  N  N   3  
JY  C1   C10   SING  N  N   4  
JY  C1   H11   SING  N  N   5  
JY  C1   H12   SING  N  N   6  
JY  C2   C3    SING  N  N   7  
JY  C2   H21   SING  N  N   8  
JY  C2   H22   SING  N  N   9  
JY  C3   C4    SING  N  N  10  
JY  C3   H31   SING  N  N  11  
JY  C4   C5    SING  N  N  12  
JY  C4   H41   SING  N  N  13  
JY  C4   H42   SING  N  N  14  
JY  C5   C6    DOUB  N  Z  15  
JY  C5   C10   SING  N  N  16  
JY  C6   C7    SING  N  N  17  
JY  C6   H61   SING  N  N  18  
JY  C7   C8    DOUB  N  E  19  
JY  C7   H71   SING  N  N  20  
JY  C8   C9    SING  N  N  21  
JY  C8   C14   SING  N  N  22  
JY  C9   C11   SING  N  N  23  
JY  C9   H91   SING  N  N  24  
JY  C9   H92   SING  N  N  25  
JY  C10  C19   DOUB  N  N  26  
JY  C11  C12   SING  N  N  27  
JY  C11  H111  SING  N  N  28  
JY  C11  H112  SING  N  N  29  
JY  C12  C13   SING  N  N  30  
JY  C12  H121  SING  N  N  31  
JY  C12  H122  SING  N  N  32  
JY  C13  C14   SING  N  N  33  
JY  C13  C17   SING  N  N  34  
JY  C13  C18   SING  N  N  35  
JY  C14  C15   SING  N  N  36  
JY  C14  H141  SING  N  N  37  
JY  C15  C16   SING  N  N  38  
JY  C15  H151  SING  N  N  39  
JY  C15  H152  SING  N  N  40  
JY  C16  C17   SING  N  N  41  
JY  C16  H161  SING  N  N  42  
JY  C16  H162  SING  N  N  43  
JY  C17  C20   SING  N  N  44  
JY  C17  H171  SING  N  N  45  
JY  C18  H181  SING  N  N  46  
JY  C18  H182  SING  N  N  47  
JY  C18  H183  SING  N  N  48  
JY  C19  H191  SING  N  N  49  
JY  C19  H192  SING  N  N  50  
JY  C20  C21   SING  N  N  51  
JY  C20  C22   SING  N  N  52  
JY  C20  H201  SING  N  N  53  
JY  C21  H211  SING  N  N  54  
JY  C21  H212  SING  N  N  55  
JY  C21  H213  SING  N  N  56  
JY  C22  C27   SING  N  N  57  
JY  C22  H221  SING  N  N  58  
JY  C22  H222  SING  N  N  59  
JY  C23  C24   DOUB  Y  N  60  
JY  C23  C28   SING  Y  N  61  
JY  C23  H231  SING  N  N  62  
JY  C24  C25   SING  Y  N  63  
JY  C24  H241  SING  N  N  64  
JY  C25  C26   DOUB  Y  N  65  
JY  C25  O1    SING  N  N  66  
JY  C26  C27   SING  Y  N  67  
JY  C26  H261  SING  N  N  68  
JY  C27  C28   DOUB  Y  N  69  
JY  C28  H281  SING  N  N  70  
JY  O1   HO11  SING  N  N  71  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
JY  SMILES            ACDLabs               10.04  "OC4CC(=C/C=C2\CCCC3(C)C(C(C)Cc1cccc(O)c1)CCC23)/C(=C)CC4"  
JY  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.341  "C[C@H](Cc1cccc(O)c1)[C@H]2CC[C@H]3C(/CCC[C@]23C)=C/C=C4/C[C@@H](O)CCC4=C"  
JY  SMILES            CACTVS                3.341  "C[CH](Cc1cccc(O)c1)[CH]2CC[CH]3C(CCC[C]23C)=CC=C4C[CH](O)CCC4=C"  
JY  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  1.5.0  "C[C@H](Cc1cccc(c1)O)[C@H]2CC[C@@H]\3[C@@]2(CCC/C3=C\C=C4C[C@H](CCC4=C)O)C"  
JY  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  1.5.0  "CC(Cc1cccc(c1)O)C2CCC3C2(CCCC3=CC=C4CC(CCC4=C)O)C"  
JY  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C28H38O2/c1-19-9-12-25(30)18-23(19)11-10-22-7-5-15-28(3)26(13-14-27(22)28)20(2)16-21-6-4-8-24(29)17-21/h4,6,8,10-11,17,20,25-27,29-30H,1,5,7,9,12-16,18H2,2-3H3/b22-10+,23-11-/t20-,25+,26-,27+,28-/m1/s1"  
JY  InChIKey          InChI                 1.03   FUULLJKQLABNSA-YPMWTJJSSA-N  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
JY  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               10.04  "3-{(2R)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-4-{(2Z)-2-[(5S)-5-hydroxy-2-methylidenecyclohexylidene]ethylidene}-7a-methyloctahydro-1H-inden-1-yl]propyl}phenol (non-preferred name)"  
JY  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  1.5.0  "3-[(2R)-2-[(1R,3aS,4E,7aR)-4-[2-[(5S)-5-hydroxy-2-methylidene-cyclohexylidene]ethylidene]-7a-methyl-2,3,3a,5,6,7-hexahydro-1H-inden-1-yl]propyl]phenol"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
JY  "Create component"   2001-06-06  RCSB  
JY  "Modify descriptor"  2011-06-04  RCSB  
JY  "Modify synonyms"    2020-06-05  PDBE  
#
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal     1
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id     JY
_pdbx_chem_comp_synonyms.name        "22-(M-HYDROXYPHENYL)-23,24,25,26,27-PENTANOR VITAMIN D3"
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance  ?
_pdbx_chem_comp_synonyms.type        ?
##
