data_Q1V
#

_chem_comp.id                                   Q1V
_chem_comp.name                                 "2-amino-3-[(R)-{[(3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-1-[(S)-{[(3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-1H-imidazol-3-ium"
_chem_comp.type                                 NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C21 H26 N13 O12 P2"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   1
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2019-09-06
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2020-12-04
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       714.459
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    Q1V
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       6U8U
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
Q1V  OP3    O1   O  0  1  N  N  N  65.272  13.775  -1.968    2.966  -4.349  -1.493  OP3    Q1V   1  
Q1V  P      P1   P  0  1  N  N  N  66.178  19.537  -0.565   -2.207  -2.535   0.901  P      Q1V   2  
Q1V  OP1    O2   O  0  1  N  N  N  67.398  20.359  -0.512   -3.057  -3.719   0.218  OP1    Q1V   3  
Q1V  OP2    O3   O  0  1  N  N  N  64.885  20.233  -0.774   -1.930  -2.878   2.313  OP2    Q1V   4  
Q1V  "C4'"  C1   C  0  1  N  N  N  67.583  17.711   2.328   -4.195   0.225   2.508  "C4'"  Q1V   5  
Q1V  "O4'"  O4   O  0  1  N  N  N  67.158  18.543   3.432   -5.547   0.687   2.657  "O4'"  Q1V   6  
Q1V  "C3'"  C2   C  0  1  N  N  S  66.314  17.538   1.556   -4.282  -0.975   1.531  "C3'"  Q1V   7  
Q1V  "O3'"  O5   O  0  1  N  N  N  65.894  18.867   0.944   -3.048  -1.164   0.836  "O3'"  Q1V   8  
Q1V  "C2'"  C3   C  0  1  N  N  R  65.394  17.147   2.700   -5.399  -0.489   0.567  "C2'"  Q1V   9  
Q1V  "C1'"  C4   C  0  1  N  N  R  65.777  18.195   3.728   -6.320   0.313   1.511  "C1'"  Q1V  10  
Q1V  N9     N1   N  0  1  Y  N  N  64.913  19.454   3.656   -6.808   1.514   0.828  N9     Q1V  11  
Q1V  C8     C5   C  0  1  Y  N  N  65.175  20.753   3.416   -6.251   2.759   0.888  C8     Q1V  12  
Q1V  N7     N2   N  0  1  Y  N  N  64.022  21.420   3.485   -6.942   3.586   0.160  N7     Q1V  13  
Q1V  C5     C6   C  0  1  Y  N  N  63.052  20.536   3.772   -7.980   2.925  -0.409  C5     Q1V  14  
Q1V  C6     C7   C  0  1  N  N  N  61.746  20.667   3.949   -9.033   3.302  -1.274  C6     Q1V  15  
Q1V  O6     O6   O  0  1  N  N  N  61.221  21.777   3.839   -9.137   4.452  -1.667  O6     Q1V  16  
Q1V  N1     N3   N  0  1  N  N  N  60.953  19.518   4.250   -9.920   2.357  -1.656  N1     Q1V  17  
Q1V  C2     C8   C  0  1  N  N  N  61.576  18.258   4.364   -9.794   1.075  -1.211  C2     Q1V  18  
Q1V  N2     N4   N  0  1  N  N  N  60.906  17.131   4.649  -10.710   0.136  -1.614  N2     Q1V  19  
Q1V  N3     N5   N  0  1  N  N  N  62.895  18.214   4.179   -8.820   0.712  -0.406  N3     Q1V  20  
Q1V  C4     C9   C  0  1  Y  N  N  63.603  19.327   3.887   -7.901   1.591   0.008  C4     Q1V  21  
Q1V  "O2'"  O7   O  0  1  N  N  N  65.581  15.749   3.130   -6.096  -1.598  -0.003  "O2'"  Q1V  22  
Q1V  N10    N6   N  0  1  Y  N  N  66.366  18.247  -1.279   -0.790  -2.346   0.096  N10    Q1V  23  
Q1V  C14    C10  C  0  1  Y  N  N  65.360  17.475  -1.592    0.352  -2.970   0.370  C14    Q1V  24  
Q1V  N15    N7   N  0  1  N  N  N  64.088  17.838  -1.498    0.544  -3.890   1.383  N15    Q1V  25  
Q1V  C11    C11  C  0  1  Y  N  N  67.497  17.603  -1.516   -0.582  -1.527  -0.970  C11    Q1V  26  
Q1V  C12    C12  C  0  1  Y  N  N  67.165  16.427  -2.034    0.705  -1.660  -1.336  C12    Q1V  27  
Q1V  N13    N8   N  1  1  Y  N  N  65.833  16.340  -2.064    1.277  -2.563  -0.494  N13    Q1V  28  
Q1V  P34    P2   P  0  1  N  N  N  64.976  15.092  -2.575    2.839  -3.061  -0.536  P34    Q1V  29  
Q1V  OP4    O8   O  0  1  N  N  N  64.313  15.194  -3.892    3.280  -3.417   0.831  OP4    Q1V  30  
Q1V  O33    O9   O  0  1  N  N  N  63.600  15.371  -1.728    3.766  -1.875  -1.107  O33    Q1V  31  
Q1V  C32    C13  C  0  1  N  N  S  63.032  14.622  -0.609    5.191  -1.961  -1.169  C32    Q1V  32  
Q1V  C28    C14  C  0  1  N  N  R  61.598  15.167  -0.428    5.838  -0.838  -0.328  C28    Q1V  33  
Q1V  O29    O10  O  0  1  N  N  N  60.614  14.110  -0.487    6.703  -1.392   0.666  O29    Q1V  34  
Q1V  C31    C15  C  0  1  N  N  N  63.841  14.891   0.620    5.688  -1.688  -2.605  C31    Q1V  35  
Q1V  O30    O11  O  0  1  N  N  N  62.793  15.205   1.591    6.009  -0.280  -2.624  O30    Q1V  36  
Q1V  C27    C16  C  0  1  N  N  R  61.575  15.783   0.930    6.650  -0.020  -1.356  C27    Q1V  37  
Q1V  N26    N9   N  0  1  Y  N  N  61.473  17.294   0.903    6.586   1.408  -1.036  N26    Q1V  38  
Q1V  C22    C17  C  0  1  Y  N  N  60.443  18.100   1.097    7.392   2.078  -0.155  C22    Q1V  39  
Q1V  N21    N10  N  0  1  N  N  N  59.150  17.824   1.309    8.407   1.718   0.639  N21    Q1V  40  
Q1V  C19    C18  C  0  1  N  N  N  58.277  18.843   1.458    9.016   2.596   1.403  C19    Q1V  41  
Q1V  N20    N11  N  0  1  N  N  N  56.979  18.601   1.674   10.053   2.181   2.200  N20    Q1V  42  
Q1V  N18    N12  N  0  1  N  N  N  58.723  20.180   1.383    8.649   3.909   1.426  N18    Q1V  43  
Q1V  C17    C19  C  0  1  N  N  N  60.092  20.423   1.144    7.632   4.346   0.651  C17    Q1V  44  
Q1V  O16    O12  O  0  1  N  N  N  60.560  21.568   1.053    7.296   5.518   0.664  O16    Q1V  45  
Q1V  C23    C20  C  0  1  Y  N  N  60.889  19.379   1.015    6.967   3.411  -0.176  C23    Q1V  46  
Q1V  N24    N13  N  0  1  Y  N  N  62.181  19.370   0.786    5.939   3.491  -1.055  N24    Q1V  47  
Q1V  C25    C21  C  0  1  Y  N  N  62.518  18.086   0.742    5.715   2.316  -1.566  C25    Q1V  48  
Q1V  H1     H1   H  0  1  N  N  N  64.974  13.084  -2.548    2.693  -4.189  -2.407  H1     Q1V  49  
Q1V  H2     H2   H  0  1  N  N  N  67.169  21.274  -0.626   -3.276  -3.562  -0.711  H2     Q1V  50  
Q1V  H3     H3   H  0  1  N  N  N  67.969  16.744   2.683   -3.570   1.012   2.086  H3     Q1V  51  
Q1V  H4     H4   H  0  1  N  N  N  68.352  18.213   1.723   -3.797  -0.097   3.470  H4     Q1V  52  
Q1V  H5     H5   H  0  1  N  N  N  66.390  16.743   0.799   -4.581  -1.885   2.052  H5     Q1V  53  
Q1V  H6     H6   H  0  1  N  N  N  64.349  17.306   2.394   -4.986   0.151  -0.213  H6     Q1V  54  
Q1V  H7     H7   H  0  1  N  N  N  65.702  17.762   4.736   -7.163  -0.306   1.819  H7     Q1V  55  
Q1V  H8     H8   H  0  1  N  N  N  66.145  21.178   3.205   -5.369   3.018   1.455  H8     Q1V  56  
Q1V  H9     H9   H  0  1  N  N  N  59.965  19.606   4.379  -10.651   2.592  -2.249  H9     Q1V  57  
Q1V  H10    H10  H  0  1  N  N  N  61.396  16.263   4.722  -11.434   0.389  -2.208  H10    Q1V  58  
Q1V  H11    H11  H  0  1  N  N  N  59.916  17.159   4.789  -10.633  -0.780  -1.306  H11    Q1V  59  
Q1V  H12    H12  H  0  1  N  N  N  64.986  15.555   3.844   -5.538  -2.183  -0.534  H12    Q1V  60  
Q1V  H13    H13  H  0  1  N  N  N  63.852  18.753  -1.171   -0.192  -4.129   1.968  H13    Q1V  61  
Q1V  H14    H14  H  0  1  N  N  N  63.365  17.197  -1.755    1.416  -4.297   1.509  H14    Q1V  62  
Q1V  H15    H15  H  0  1  N  N  N  68.497  17.964  -1.325   -1.315  -0.887  -1.437  H15    Q1V  63  
Q1V  H16    H16  H  0  1  N  N  N  67.855  15.669  -2.374    1.194  -1.147  -2.151  H16    Q1V  64  
Q1V  H17    H17  H  0  1  N  N  N  63.001  13.544  -0.826    5.529  -2.939  -0.825  H17    Q1V  65  
Q1V  H18    H18  H  0  1  N  N  N  61.398  15.931  -1.194    5.071  -0.217   0.135  H18    Q1V  66  
Q1V  H19    H19  H  0  1  N  N  N  59.746  14.478  -0.373    6.254  -1.965   1.303  H19    Q1V  67  
Q1V  H20    H20  H  0  1  N  N  N  64.419  14.005   0.923    6.576  -2.283  -2.819  H20    Q1V  68  
Q1V  H21    H21  H  0  1  N  N  N  64.523  15.742   0.475    4.901  -1.907  -3.327  H21    Q1V  69  
Q1V  H22    H22  H  0  1  N  N  N  60.691  15.399   1.460    7.686  -0.358  -1.378  H22    Q1V  70  
Q1V  H23    H23  H  0  1  N  N  N  56.648  17.659   1.726   10.326   1.250   2.195  H23    Q1V  71  
Q1V  H24    H24  H  0  1  N  N  N  56.340  19.362   1.783   10.512   2.818   2.770  H24    Q1V  72  
Q1V  H25    H25  H  0  1  N  N  N  58.082  20.939   1.497    9.119   4.532   2.002  H25    Q1V  73  
Q1V  H26    H26  H  0  1  N  N  N  63.527  17.731   0.592    4.951   2.091  -2.296  H26    Q1V  74  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
Q1V  OP4    P34    DOUB  N  N   1  
Q1V  P34    N13    SING  N  N   2  
Q1V  P34    OP3    SING  N  N   3  
Q1V  P34    O33    SING  N  N   4  
Q1V  N13    C12    SING  Y  N   5  
Q1V  N13    C14    DOUB  Y  N   6  
Q1V  C12    C11    DOUB  Y  N   7  
Q1V  O33    C32    SING  N  N   8  
Q1V  C14    N15    SING  N  N   9  
Q1V  C14    N10    SING  Y  N  10  
Q1V  C11    N10    SING  Y  N  11  
Q1V  N10    P      SING  N  N  12  
Q1V  OP2    P      DOUB  N  N  13  
Q1V  C32    C28    SING  N  N  14  
Q1V  C32    C31    SING  N  N  15  
Q1V  P      OP1    SING  N  N  16  
Q1V  P      "O3'"  SING  N  N  17  
Q1V  O29    C28    SING  N  N  18  
Q1V  C28    C27    SING  N  N  19  
Q1V  C31    O30    SING  N  N  20  
Q1V  C25    N24    DOUB  Y  N  21  
Q1V  C25    N26    SING  Y  N  22  
Q1V  N24    C23    SING  Y  N  23  
Q1V  N26    C27    SING  N  N  24  
Q1V  N26    C22    SING  Y  N  25  
Q1V  C27    O30    SING  N  N  26  
Q1V  "O3'"  "C3'"  SING  N  N  27  
Q1V  C23    C22    DOUB  Y  N  28  
Q1V  C23    C17    SING  N  N  29  
Q1V  O16    C17    DOUB  N  N  30  
Q1V  C22    N21    SING  N  N  31  
Q1V  C17    N18    SING  N  N  32  
Q1V  N21    C19    DOUB  N  N  33  
Q1V  N18    C19    SING  N  N  34  
Q1V  C19    N20    SING  N  N  35  
Q1V  "C3'"  "C4'"  SING  N  N  36  
Q1V  "C3'"  "C2'"  SING  N  N  37  
Q1V  "C4'"  "O4'"  SING  N  N  38  
Q1V  "C2'"  "O2'"  SING  N  N  39  
Q1V  "C2'"  "C1'"  SING  N  N  40  
Q1V  C8     N7     DOUB  Y  N  41  
Q1V  C8     N9     SING  Y  N  42  
Q1V  "O4'"  "C1'"  SING  N  N  43  
Q1V  N7     C5     SING  Y  N  44  
Q1V  N9     "C1'"  SING  N  N  45  
Q1V  N9     C4     SING  Y  N  46  
Q1V  C5     C4     DOUB  Y  N  47  
Q1V  C5     C6     SING  N  N  48  
Q1V  O6     C6     DOUB  N  N  49  
Q1V  C4     N3     SING  N  N  50  
Q1V  C6     N1     SING  N  N  51  
Q1V  N3     C2     DOUB  N  N  52  
Q1V  N1     C2     SING  N  N  53  
Q1V  C2     N2     SING  N  N  54  
Q1V  OP3    H1     SING  N  N  55  
Q1V  OP1    H2     SING  N  N  56  
Q1V  "C4'"  H3     SING  N  N  57  
Q1V  "C4'"  H4     SING  N  N  58  
Q1V  "C3'"  H5     SING  N  N  59  
Q1V  "C2'"  H6     SING  N  N  60  
Q1V  "C1'"  H7     SING  N  N  61  
Q1V  C8     H8     SING  N  N  62  
Q1V  N1     H9     SING  N  N  63  
Q1V  N2     H10    SING  N  N  64  
Q1V  N2     H11    SING  N  N  65  
Q1V  "O2'"  H12    SING  N  N  66  
Q1V  N15    H13    SING  N  N  67  
Q1V  N15    H14    SING  N  N  68  
Q1V  C11    H15    SING  N  N  69  
Q1V  C12    H16    SING  N  N  70  
Q1V  C32    H17    SING  N  N  71  
Q1V  C28    H18    SING  N  N  72  
Q1V  O29    H19    SING  N  N  73  
Q1V  C31    H20    SING  N  N  74  
Q1V  C31    H21    SING  N  N  75  
Q1V  C27    H22    SING  N  N  76  
Q1V  N20    H23    SING  N  N  77  
Q1V  N20    H24    SING  N  N  78  
Q1V  N18    H25    SING  N  N  79  
Q1V  C25    H26    SING  N  N  80  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
Q1V  SMILES            ACDLabs               12.01  "OP([n+]4c(n(P(O)(OC1COC(C1O)n2c3c(nc2)C(NC(N)=N3)=O)=O)cc4)N)(OC5C(C(OC5)n7c6N=C(N)NC(=O)c6nc7)O)=O"  
Q1V  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C21H25N13O12P2/c22-19-27-13-9(15(37)29-19)25-5-31(13)17-11(35)7(3-43-17)45-47(39,40)33-1-2-34(21(33)24)48(41,42)46-8-4-44-18(12(8)36)32-6-26-10-14(32)28-20(23)30-16(10)38/h1-2,5-8,11-12,17-18,24,35-36H,3-4H2,(H8,22,23,27,28,29,30,37,38,39,40,41,42)/p+1/t7-,8-,11+,12+,17+,18+/m0/s1"  
Q1V  InChIKey          InChI                 1.03   ZVPUVGSJWNSRDP-QIHYXNHISA-O  
Q1V  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[C@@H]3OC[C@H](O[P](O)(=O)n4cc[n+](c4N)[P](O)(=O)O[C@H]5CO[C@H]([C@@H]5O)n6cnc7C(=O)NC(=Nc67)N)[C@H]3O"  
Q1V  SMILES            CACTVS                3.385  "NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[CH]3OC[CH](O[P](O)(=O)n4cc[n+](c4N)[P](O)(=O)O[CH]5CO[CH]([CH]5O)n6cnc7C(=O)NC(=Nc67)N)[CH]3O"  
Q1V  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "c1c[n+](c(n1P(=O)(O)O[C@H]2CO[C@H]([C@@H]2O)n3cnc4c3N=C(NC4=O)N)N)P(=O)(O)O[C@H]5CO[C@H]([C@@H]5O)n6cnc7c6N=C(NC7=O)N"  
Q1V  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "c1c[n+](c(n1P(=O)(O)OC2COC(C2O)n3cnc4c3N=C(NC4=O)N)N)P(=O)(O)OC5COC(C5O)n6cnc7c6N=C(NC7=O)N"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
Q1V  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               12.01  "2-amino-3-[(R)-{[(3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-1-[(S)-{[(3S,4R,5R)-5-(2-amino-6-oxo-1,6-dihydro-9H-purin-9-yl)-4-hydroxyoxolan-3-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-1H-imidazol-3-ium"  
Q1V  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  2.0.7  "[2-azanyl-3-[[(3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]imidazol-1-ium-1-yl]-[(3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-oxolan-3-yl]oxy-phosphinic acid"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
Q1V  "Create component"  2019-09-06  RCSB  
Q1V  "Initial release"   2020-12-09  RCSB  
##
