data_SJT
# 
_chem_comp.id                                    SJT 
_chem_comp.name                                  "spliceostatin A (form II)" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C28 H45 N O8" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate" 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2020-11-20 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-09-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        523.659 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     SJT 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        7B0I 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
_chem_comp.pdbx_pcm                              Y 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
SJT C9  C1  C 0 1 N N N N N N -21.946 36.541 -35.081 -2.452  2.893  0.122  C9  SJT 1  
SJT C8  C2  C 0 1 N N R N N N -21.693 35.399 -34.127 -2.266  1.584  -0.649 C8  SJT 2  
SJT C5  C3  C 0 1 N N N N N N -28.954 31.116 -35.103 -9.329  -0.491 -0.952 C5  SJT 3  
SJT C6  C4  C 0 1 N N N N N N -30.386 30.709 -35.173 -10.012 -1.612 -1.692 C6  SJT 4  
SJT C2  C5  C 0 1 N N N N N N -27.031 33.229 -36.086 -7.425  -0.032 2.069  C2  SJT 5  
SJT C4  C6  C 0 1 N N N N N N -26.597 31.476 -37.846 -9.397  1.398  1.607  C4  SJT 6  
SJT N   N1  N 0 1 N N N N N N -23.801 34.341 -34.809 -4.210  0.652  0.509  N   SJT 7  
SJT C   C7  C 0 1 N N N N N N -24.621 33.417 -35.334 -5.517  0.342  0.618  C   SJT 8  
SJT O   O1  O 0 1 N N N N N N -24.238 32.266 -35.600 -6.208  0.261  -0.380 O   SJT 9  
SJT C1  C8  C 0 1 N N N N N N -25.997 33.896 -35.600 -6.108  0.102  1.943  C1  SJT 10 
SJT C10 C9  C 0 1 N N S N N N -21.875 34.888 -31.797 -1.113  -0.517 -0.577 C10 SJT 11 
SJT C11 C10 C 0 1 N N S N N N -22.536 33.531 -32.012 -2.422  -1.296 -0.737 C11 SJT 12 
SJT C12 C11 C 0 1 N N N N N N -24.040 33.562 -31.748 -3.003  -1.607 0.644  C12 SJT 13 
SJT C13 C12 C 0 1 N N N N N N -22.223 33.031 -33.424 -3.419  -0.446 -1.531 C13 SJT 14 
SJT C14 C13 C 0 1 N N N N N N -22.263 35.552 -30.479 -0.133  -1.334 0.267  C14 SJT 15 
SJT C15 C14 C 0 1 N N N N N N -21.741 34.808 -29.285 1.195   -0.625 0.322  C15 SJT 16 
SJT C16 C15 C 0 1 N N N N N N -22.382 34.730 -28.117 2.309   -1.273 -0.003 C16 SJT 17 
SJT C17 C16 C 0 1 N N N N N N -23.710 35.381 -27.845 2.250   -2.734 -0.370 C17 SJT 18 
SJT C18 C17 C 0 1 N N N N N N -21.769 33.970 -27.043 3.598   -0.565 -0.004 C18 SJT 19 
SJT C19 C18 C 0 1 N N N N N N -22.234 33.786 -25.821 4.712   -1.214 -0.329 C19 SJT 20 
SJT C20 C19 C 0 1 N N R N N N -21.553 32.987 -24.759 6.033   -0.488 -0.330 C20 SJT 21 
SJT C21 C20 C 0 1 N N R N N N -22.273 31.684 -24.412 7.023   -1.231 0.571  C21 SJT 22 
SJT C22 C21 C 0 1 N N S N N N -21.562 30.927 -23.280 8.344   -0.455 0.612  C22 SJT 23 
SJT C23 C22 C 0 1 N N N N N N -22.367 29.726 -22.803 9.314   -1.147 1.572  C23 SJT 24 
SJT C24 C23 C 0 1 N N N N N N -21.276 31.897 -22.127 8.071   0.971  1.099  C24 SJT 25 
SJT C25 C24 C 0 1 N N S N N N -20.541 33.154 -22.578 7.040   1.628  0.178  C25 SJT 26 
SJT C26 C25 C 0 1 N N N N N N -20.355 34.162 -21.473 6.717   3.032  0.693  C26 SJT 27 
SJT C27 C26 C 0 1 N N N N N N -18.371 33.727 -23.460 6.683   2.318  -2.089 C27 SJT 28 
SJT C3  C27 C 0 1 N N S N N N -27.051 31.773 -36.436 -8.342  0.479  0.988  C3  SJT 29 
SJT C7  C28 C 0 1 N N R N N N -22.394 34.096 -34.510 -3.621  0.891  -0.811 C7  SJT 30 
SJT O1  O2  O 0 1 N N N N N N -28.451 31.331 -36.337 -8.998  -0.643 0.340  O1  SJT 31 
SJT O2  O3  O 0 1 N N N N N N -28.311 31.243 -34.102 -9.078  0.544  -1.522 O2  SJT 32 
SJT O3  O4  O 0 1 N N N N N N -22.229 35.796 -32.850 -1.377  0.729  0.071  O3  SJT 33 
SJT O4  O5  O 0 1 N N N N N N -22.390 30.870 -25.571 7.255   -2.541 0.049  O4  SJT 34 
SJT O5  O6  O 0 1 N N N N N N -20.308 30.450 -23.803 8.915   -0.414 -0.697 O5  SJT 35 
SJT O6  O7  O 0 1 N N N N N N -21.367 33.784 -23.572 5.847   0.840  0.161  O6  SJT 36 
SJT O7  O8  O 0 1 N N N N N N -19.333 32.713 -23.151 7.571   1.717  -1.145 O7  SJT 37 
SJT H1  H1  H 0 1 N N N N N N -21.408 37.436 -34.734 -1.487  3.386  0.238  H1  SJT 38 
SJT H2  H2  H 0 1 N N N N N N -21.590 36.266 -36.085 -3.130  3.546  -0.428 H2  SJT 39 
SJT H3  H3  H 0 1 N N N N N N -23.024 36.754 -35.120 -2.871  2.679  1.105  H3  SJT 40 
SJT H4  H4  H 0 1 N N N N N N -20.611 35.219 -34.050 -1.847  1.799  -1.633 H4  SJT 41 
SJT H5  H5  H 0 1 N N N N N N -30.770 30.540 -34.156 -10.200 -1.307 -2.721 H5  SJT 42 
SJT H6  H6  H 0 1 N N N N N N -30.970 31.505 -35.658 -9.373  -2.495 -1.685 H6  SJT 43 
SJT H7  H7  H 0 1 N N N N N N -30.475 29.781 -35.757 -10.958 -1.846 -1.203 H7  SJT 44 
SJT H8  H8  H 0 1 N N N N N N -27.943 33.785 -36.245 -7.838  -0.508 2.947  H8  SJT 45 
SJT H9  H9  H 0 1 N N N N N N -25.550 31.791 -37.969 -10.060 1.768  0.825  H9  SJT 46 
SJT H10 H10 H 0 1 N N N N N N -26.680 30.396 -38.038 -9.977  0.842  2.343  H10 SJT 47 
SJT H11 H11 H 0 1 N N N N N N -27.231 32.025 -38.558 -8.904  2.240  2.094  H11 SJT 48 
SJT H12 H12 H 0 1 N N N N N N -24.175 35.247 -34.612 -3.659  0.716  1.304  H12 SJT 49 
SJT H13 H13 H 0 1 N N N N N N -26.182 34.934 -35.365 -5.472  0.036  2.814  H13 SJT 50 
SJT H14 H14 H 0 1 N N N N N N -20.785 34.740 -31.797 -0.679  -0.331 -1.560 H14 SJT 51 
SJT H15 H15 H 0 1 N N N N N N -22.086 32.823 -31.300 -2.230  -2.227 -1.269 H15 SJT 52 
SJT H16 H16 H 0 1 N N N N N N -24.226 33.925 -30.727 -2.968  -0.711 1.264  H16 SJT 53 
SJT H17 H17 H 0 1 N N N N N N -24.525 34.235 -32.471 -4.037  -1.935 0.538  H17 SJT 54 
SJT H18 H18 H 0 1 N N N N N N -24.452 32.548 -31.857 -2.418  -2.397 1.115  H18 SJT 55 
SJT H19 H19 H 0 1 N N N N N N -22.897 32.192 -33.652 -3.027  -0.266 -2.532 H19 SJT 56 
SJT H20 H20 H 0 1 N N N N N N -21.181 32.680 -33.444 -4.371  -0.972 -1.602 H20 SJT 57 
SJT H21 H21 H 0 1 N N N N N N -21.854 36.573 -30.465 -0.528  -1.445 1.277  H21 SJT 58 
SJT H22 H22 H 0 1 N N N N N N -23.360 35.595 -30.416 -0.001  -2.319 -0.181 H22 SJT 59 
SJT H23 H23 H 0 1 N N N N N N -20.789 34.305 -29.376 1.242   0.411  0.625  H23 SJT 60 
SJT H24 H24 H 0 1 N N N N N N -24.020 35.166 -26.812 1.999   -2.833 -1.426 H24 SJT 61 
SJT H25 H25 H 0 1 N N N N N N -23.620 36.469 -27.982 3.220   -3.194 -0.182 H25 SJT 62 
SJT H26 H26 H 0 1 N N N N N N -24.462 34.985 -28.543 1.489   -3.230 0.233  H26 SJT 63 
SJT H27 H27 H 0 1 N N N N N N -20.823 33.501 -27.270 3.640   0.481  0.259  H27 SJT 64 
SJT H28 H28 H 0 1 N N N N N N -23.178 34.248 -25.571 4.670   -2.260 -0.592 H28 SJT 65 
SJT H29 H29 H 0 1 N N N N N N -20.559 32.712 -25.142 6.425   -0.449 -1.346 H29 SJT 66 
SJT H30 H30 H 0 1 N N N N N N -23.280 31.945 -24.055 6.614   -1.306 1.578  H30 SJT 67 
SJT H31 H31 H 0 1 N N N N N N -21.822 29.216 -21.995 9.501   -2.165 1.228  H31 SJT 68 
SJT H32 H32 H 0 1 N N N N N N -23.344 30.065 -22.429 10.253  -0.595 1.600  H32 SJT 69 
SJT H33 H33 H 0 1 N N N N N N -22.517 29.029 -23.641 8.878   -1.176 2.571  H33 SJT 70 
SJT H34 H34 H 0 1 N N N N N N -22.233 32.194 -21.672 7.682   0.940  2.117  H34 SJT 71 
SJT H35 H35 H 0 1 N N N N N N -20.659 31.379 -21.378 8.997   1.546  1.080  H35 SJT 72 
SJT H36 H36 H 0 1 N N N N N N -19.726 33.728 -20.682 7.626   3.632  0.707  H36 SJT 73 
SJT H37 H37 H 0 1 N N N N N N -19.867 35.062 -21.876 5.982   3.500  0.037  H37 SJT 74 
SJT H38 H38 H 0 1 N N N N N N -21.336 34.433 -21.055 6.311   2.964  1.703  H38 SJT 75 
SJT H39 H39 H 0 1 N N N N N N -17.476 33.262 -23.899 7.160   2.348  -3.069 H39 SJT 76 
SJT H40 H40 H 0 1 N N N N N N -18.805 34.438 -24.179 5.765   1.733  -2.150 H40 SJT 77 
SJT H41 H41 H 0 1 N N N N N N -18.092 34.261 -22.539 6.446   3.333  -1.769 H41 SJT 78 
SJT H42 H42 H 0 1 N N N N N N -26.428 31.212 -35.724 -7.761  1.035  0.252  H42 SJT 79 
SJT H43 H43 H 0 1 N N N N N N -21.909 33.717 -35.421 -4.287  1.524  -1.398 H43 SJT 80 
SJT H44 H44 H 0 1 N N N N N N -22.838 30.063 -25.348 6.459   -3.087 -0.010 H44 SJT 81 
SJT H45 H45 H 0 1 N N N N N N -19.842 29.975 -23.125 9.108   -1.285 -1.070 H45 SJT 82 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
SJT C4  C3  SING N N 1  
SJT C3  O1  SING N N 2  
SJT C3  C2  SING N N 3  
SJT O1  C5  SING N N 4  
SJT C2  C1  DOUB N Z 5  
SJT C1  C   SING N N 6  
SJT O   C   DOUB N N 7  
SJT C   N   SING N N 8  
SJT C6  C5  SING N N 9  
SJT C5  O2  DOUB N N 10 
SJT C9  C8  SING N N 11 
SJT N   C7  SING N N 12 
SJT C7  C8  SING N N 13 
SJT C7  C13 SING N N 14 
SJT C8  O3  SING N N 15 
SJT C13 C11 SING N N 16 
SJT O3  C10 SING N N 17 
SJT C11 C10 SING N N 18 
SJT C11 C12 SING N N 19 
SJT C10 C14 SING N N 20 
SJT C14 C15 SING N N 21 
SJT C15 C16 DOUB N E 22 
SJT C16 C17 SING N N 23 
SJT C16 C18 SING N N 24 
SJT C18 C19 DOUB N E 25 
SJT C19 C20 SING N N 26 
SJT O4  C21 SING N N 27 
SJT C20 C21 SING N N 28 
SJT C20 O6  SING N N 29 
SJT C21 C22 SING N N 30 
SJT O5  C22 SING N N 31 
SJT O6  C25 SING N N 32 
SJT C27 O7  SING N N 33 
SJT C22 C23 SING N N 34 
SJT C22 C24 SING N N 35 
SJT O7  C25 SING N N 36 
SJT C25 C24 SING N N 37 
SJT C25 C26 SING N N 38 
SJT C9  H1  SING N N 39 
SJT C9  H2  SING N N 40 
SJT C9  H3  SING N N 41 
SJT C8  H4  SING N N 42 
SJT C6  H5  SING N N 43 
SJT C6  H6  SING N N 44 
SJT C6  H7  SING N N 45 
SJT C2  H8  SING N N 46 
SJT C4  H9  SING N N 47 
SJT C4  H10 SING N N 48 
SJT C4  H11 SING N N 49 
SJT N   H12 SING N N 50 
SJT C1  H13 SING N N 51 
SJT C10 H14 SING N N 52 
SJT C11 H15 SING N N 53 
SJT C12 H16 SING N N 54 
SJT C12 H17 SING N N 55 
SJT C12 H18 SING N N 56 
SJT C13 H19 SING N N 57 
SJT C13 H20 SING N N 58 
SJT C14 H21 SING N N 59 
SJT C14 H22 SING N N 60 
SJT C15 H23 SING N N 61 
SJT C17 H24 SING N N 62 
SJT C17 H25 SING N N 63 
SJT C17 H26 SING N N 64 
SJT C18 H27 SING N N 65 
SJT C19 H28 SING N N 66 
SJT C20 H29 SING N N 67 
SJT C21 H30 SING N N 68 
SJT C23 H31 SING N N 69 
SJT C23 H32 SING N N 70 
SJT C23 H33 SING N N 71 
SJT C24 H34 SING N N 72 
SJT C24 H35 SING N N 73 
SJT C26 H36 SING N N 74 
SJT C26 H37 SING N N 75 
SJT C26 H38 SING N N 76 
SJT C27 H39 SING N N 77 
SJT C27 H40 SING N N 78 
SJT C27 H41 SING N N 79 
SJT C3  H42 SING N N 80 
SJT C7  H43 SING N N 81 
SJT O4  H44 SING N N 82 
SJT O5  H45 SING N N 83 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
SJT InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C28H45NO8/c1-17(10-13-24-26(32)27(6,33)16-28(7,34-8)37-24)9-12-23-18(2)15-22(20(4)36-23)29-25(31)14-11-19(3)35-21(5)30/h9-11,13-14,18-20,22-24,26,32-33H,12,15-16H2,1-8H3,(H,29,31)/b13-10+,14-11-,17-9+/t18-,19-,20+,22+,23-,24+,26+,27-,28-/m0/s1" 
SJT InChIKey         InChI                1.03  KFBJURVXOOMXKK-GSHHMAPISA-N                                                                                                                                                                                                                                    
SJT SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "CO[C@]1(C)C[C@](C)(O)[C@H](O)[C@H](O1)/C=C/C(C)=C/C[C@@H]2O[C@H](C)[C@@H](C[C@@H]2C)NC(=O)\C=C/[C@H](C)OC(C)=O"                                                                                                                                               
SJT SMILES           CACTVS               3.385 "CO[C]1(C)C[C](C)(O)[CH](O)[CH](O1)C=CC(C)=CC[CH]2O[CH](C)[CH](C[CH]2C)NC(=O)C=C[CH](C)OC(C)=O"                                                                                                                                                                
SJT SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "C[C@H]1C[C@H]([C@H](O[C@H]1C/C=C(\C)/C=C/[C@@H]2[C@H]([C@@](C[C@@](O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)/C=C\[C@H](C)OC(=O)C"                                                                                                                                              
SJT SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC1CC(C(OC1CC=C(C)C=CC2C(C(CC(O2)(C)OC)(C)O)O)C)NC(=O)C=CC(C)OC(=O)C"                                                                                                                                                                                         
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           SJT 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate" 
# 
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal      1 
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id      SJT 
_pdbx_chem_comp_synonyms.name         "[(~{Z},2~{S})-5-[[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{S})-6-[(2~{E},4~{E})-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},6~{S})-6-methoxy-4,6-dimethyl-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]-3-methyl-penta-2,4-dienyl]-2,5-dimethyl-oxan-3-yl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ethanoate" 
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance   PDB 
_pdbx_chem_comp_synonyms.type         ? 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
SJT "Create component" 2020-11-20 PDBE 
SJT "Modify synonyms"  2021-03-13 RCSB 
SJT "Initial release"  2021-08-04 RCSB 
SJT "Modify PCM"       2024-09-27 PDBE 
# 
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id                             1 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id                            SJT 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id                CYS 
_pdbx_chem_comp_pcm.type                               None 
_pdbx_chem_comp_pcm.category                           "Covalent chemical modification" 
_pdbx_chem_comp_pcm.position                           "Amino-acid side chain" 
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position               "Any position" 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom               C23 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom   SG 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession     ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession      ? 
# 
