data_WUR
# 
_chem_comp.id                                    WUR 
_chem_comp.name                                  "(2R,3R,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-1-{6-[2-methyl-5-(pyrimidin-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]hexyl}piperidine-3,4,5-triol" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C24 H33 N5 O4" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2022-10-20 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2023-02-17 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        455.550 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     WUR 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8EUD 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
WUR N1  N1  N 0 1 N N N -7.206  -40.122 -32.978 -5.395 -0.379 0.107  N1  WUR 1  
WUR N3  N2  N 0 1 Y N N -8.144  -39.069 -41.118 4.637  2.735  0.934  N3  WUR 2  
WUR C4  C1  C 0 1 N N N -7.931  -39.235 -33.490 -4.062 -0.316 0.723  C4  WUR 3  
WUR C5  C2  C 0 1 N N N -8.989  -39.543 -34.594 -3.095 0.392  -0.228 C5  WUR 4  
WUR C6  C3  C 0 1 N N N -8.510  -39.163 -35.985 -1.707 0.458  0.413  C6  WUR 5  
WUR C7  C4  C 0 1 N N N -9.665  -38.669 -36.862 -0.739 1.166  -0.537 C7  WUR 6  
WUR C8  C5  C 0 1 N N N -10.491 -39.780 -37.549 0.648  1.231  0.104  C8  WUR 7  
WUR C10 C6  C 0 1 Y N N -9.823  -37.786 -40.423 3.946  1.061  -0.353 C10 WUR 8  
WUR C13 C7  C 0 1 N N N -8.600  -41.293 -39.948 2.646  4.233  0.953  C13 WUR 9  
WUR C15 C8  C 0 1 Y N N -9.074  -35.449 -41.846 6.293  -0.407 -0.200 C15 WUR 10 
WUR C17 C9  C 0 1 Y N N -7.074  -33.058 -43.936 8.709  -3.092 -0.737 C17 WUR 11 
WUR C20 C10 C 0 1 Y N N -10.241 -35.433 -41.037 5.208  -0.876 -0.948 C20 WUR 12 
WUR C21 C11 C 0 1 Y N N -10.623 -36.581 -40.330 4.053  -0.152 -1.022 C21 WUR 13 
WUR C22 C12 C 0 1 N N N -6.040  -40.371 -33.785 -5.939 0.967  -0.109 C22 WUR 14 
WUR C24 C13 C 0 1 N N R -5.705  -42.537 -32.658 -8.249 0.020  -0.080 C24 WUR 15 
WUR C1  C14 C 0 1 N N R -6.816  -42.294 -31.754 -7.638 -1.361 0.173  C1  WUR 16 
WUR O1  O1  O 0 1 N N N -7.394  -43.583 -31.402 -8.534 -2.141 0.967  O1  WUR 17 
WUR C2  C15 C 0 1 N N R -7.839  -41.366 -32.474 -6.309 -1.198 0.914  C2  WUR 18 
WUR N2  N3  N 0 1 Y N N -9.939  -39.048 -39.856 2.945  2.003  -0.232 N2  WUR 19 
WUR O2  O2  O 0 1 N N N -8.593  -40.378 -30.472 -5.527 -3.248 -0.099 O2  WUR 20 
WUR C3  C16 C 0 1 N N N -9.061  -41.120 -31.582 -5.685 -2.575 1.151  C3  WUR 21 
WUR O3  O3  O 0 1 N N N -3.899  -41.405 -33.851 -7.796 2.178  -1.073 O3  WUR 22 
WUR N4  N4  N 0 1 Y N N -7.427  -34.086 -43.166 7.611  -2.357 -0.780 N4  WUR 23 
WUR O4  O4  O 0 1 N N N -4.810  -43.415 -31.878 -9.462 -0.123 -0.822 O4  WUR 24 
WUR N5  N5  N 0 1 Y N N -9.612  -33.334 -43.051 8.562  -0.746 0.583  N5  WUR 25 
WUR C9  C17 C 0 1 N N N -11.023 -39.443 -38.943 1.616  1.940  -0.846 C9  WUR 26 
WUR C11 C18 C 0 1 Y N N -8.680  -37.806 -41.217 5.027  1.547  0.403  C11 WUR 27 
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WUR C14 C20 C 0 1 Y N N -8.310  -36.629 -41.949 6.206  0.803  0.475  C14 WUR 29 
WUR C16 C21 C 0 1 Y N N -8.666  -34.218 -42.694 7.541  -1.204 -0.129 C16 WUR 30 
WUR C18 C22 C 0 1 Y N N -8.049  -32.113 -44.282 9.793  -2.646 0.004  C18 WUR 31 
WUR C19 C23 C 0 1 Y N N -9.352  -32.276 -43.814 9.685  -1.437 0.676  C19 WUR 32 
WUR C23 C24 C 0 1 N N S -5.056  -41.240 -33.009 -7.257 0.869  -0.881 C23 WUR 33 
WUR H2  H2  H 0 1 N N N -7.244  -38.494 -33.925 -4.121 0.237  1.660  H2  WUR 34 
WUR H3  H3  H 0 1 N N N -8.485  -38.777 -32.657 -3.705 -1.327 0.919  H3  WUR 35 
WUR H4  H4  H 0 1 N N N -9.906  -38.978 -34.371 -3.036 -0.161 -1.165 H4  WUR 36 
WUR H5  H5  H 0 1 N N N -9.210  -40.621 -34.580 -3.453 1.403  -0.424 H5  WUR 37 
WUR H6  H6  H 0 1 N N N -8.053  -40.044 -36.459 -1.766 1.011  1.351  H6  WUR 38 
WUR H7  H7  H 0 1 N N N -7.760  -38.363 -35.898 -1.349 -0.553 0.609  H7  WUR 39 
WUR H8  H8  H 0 1 N N N -9.244  -38.023 -37.647 -0.681 0.613  -1.474 H8  WUR 40 
WUR H9  H9  H 0 1 N N N -10.346 -38.081 -36.229 -1.097 2.176  -0.733 H9  WUR 41 
WUR H10 H10 H 0 1 N N N -11.352 -40.009 -36.904 0.590  1.785  1.042  H10 WUR 42 
WUR H11 H11 H 0 1 N N N -9.852  -40.671 -37.637 1.006  0.221  0.300  H11 WUR 43 
WUR H12 H12 H 0 1 N N N -7.684  -41.613 -40.466 2.820  5.019  0.218  H12 WUR 44 
WUR H13 H13 H 0 1 N N N -8.459  -41.389 -38.861 1.582  3.999  0.989  H13 WUR 45 
WUR H14 H14 H 0 1 N N N -9.441  -41.926 -40.266 2.977  4.574  1.934  H14 WUR 46 
WUR H15 H15 H 0 1 N N N -6.058  -32.955 -44.286 8.759  -4.031 -1.268 H15 WUR 47 
WUR H16 H16 H 0 1 N N N -10.835 -34.534 -40.966 5.285  -1.818 -1.471 H16 WUR 48 
WUR H17 H17 H 0 1 N N N -11.512 -36.568 -39.717 3.220  -0.523 -1.602 H17 WUR 49 
WUR H18 H18 H 0 1 N N N -5.561  -39.414 -34.041 -6.117 1.446  0.854  H18 WUR 50 
WUR H19 H19 H 0 1 N N N -6.338  -40.890 -34.708 -5.226 1.559  -0.683 H19 WUR 51 
WUR H20 H20 H 0 1 N N N -6.048  -43.049 -33.569 -8.459 0.505  0.872  H20 WUR 52 
WUR H21 H21 H 0 1 N N N -6.458  -41.784 -30.848 -7.465 -1.863 -0.779 H21 WUR 53 
WUR H22 H22 H 0 1 N N N -8.125  -43.452 -30.810 -9.400 -2.282 0.559  H22 WUR 54 
WUR H23 H23 H 0 1 N N N -8.198  -41.925 -33.351 -6.485 -0.709 1.872  H23 WUR 55 
WUR H24 H24 H 0 1 N N N -9.317  -40.198 -29.883 -5.136 -4.130 -0.024 H24 WUR 56 
WUR H25 H25 H 0 1 N N N -9.824  -40.548 -32.129 -4.711 -2.455 1.625  H25 WUR 57 
WUR H26 H26 H 0 1 N N N -9.489  -42.077 -31.249 -6.335 -3.161 1.800  H26 WUR 58 
WUR H27 H27 H 0 1 N N N -3.256  -41.943 -33.405 -7.218 2.772  -1.571 H27 WUR 59 
WUR H28 H28 H 0 1 N N N -5.260  -44.227 -31.676 -9.904 0.714  -1.018 H28 WUR 60 
WUR H29 H29 H 0 1 N N N -11.740 -38.613 -38.860 1.675  1.387  -1.783 H29 WUR 61 
WUR H30 H30 H 0 1 N N N -11.532 -40.327 -39.354 1.258  2.950  -1.042 H30 WUR 62 
WUR H31 H31 H 0 1 N N N -7.437  -36.647 -42.585 7.043  1.166  1.053  H31 WUR 63 
WUR H32 H32 H 0 1 N N N -7.794  -31.268 -44.904 10.702 -3.227 0.056  H32 WUR 64 
WUR H33 H33 H 0 1 N N N -10.126 -31.565 -44.063 10.511 -1.061 1.261  H33 WUR 65 
WUR H34 H34 H 0 1 N N N -4.774  -40.715 -32.084 -7.077 0.403  -1.850 H34 WUR 66 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
WUR C18 C17 DOUB Y N 1  
WUR C18 C19 SING Y N 2  
WUR C17 N4  SING Y N 3  
WUR C19 N5  DOUB Y N 4  
WUR N4  C16 DOUB Y N 5  
WUR N5  C16 SING Y N 6  
WUR C16 C15 SING N N 7  
WUR C14 C15 DOUB Y N 8  
WUR C14 C11 SING Y N 9  
WUR C15 C20 SING Y N 10 
WUR C11 N3  SING Y N 11 
WUR C11 C10 DOUB Y N 12 
WUR N3  C12 DOUB Y N 13 
WUR C20 C21 DOUB Y N 14 
WUR C10 C21 SING Y N 15 
WUR C10 N2  SING Y N 16 
WUR C12 C13 SING N N 17 
WUR C12 N2  SING Y N 18 
WUR N2  C9  SING N N 19 
WUR C9  C8  SING N N 20 
WUR C8  C7  SING N N 21 
WUR C7  C6  SING N N 22 
WUR C6  C5  SING N N 23 
WUR C5  C4  SING N N 24 
WUR O3  C23 SING N N 25 
WUR C22 C23 SING N N 26 
WUR C22 N1  SING N N 27 
WUR C4  N1  SING N N 28 
WUR C23 C24 SING N N 29 
WUR N1  C2  SING N N 30 
WUR C24 O4  SING N N 31 
WUR C24 C1  SING N N 32 
WUR C2  C1  SING N N 33 
WUR C2  C3  SING N N 34 
WUR C1  O1  SING N N 35 
WUR C3  O2  SING N N 36 
WUR C4  H2  SING N N 37 
WUR C4  H3  SING N N 38 
WUR C5  H4  SING N N 39 
WUR C5  H5  SING N N 40 
WUR C6  H6  SING N N 41 
WUR C6  H7  SING N N 42 
WUR C7  H8  SING N N 43 
WUR C7  H9  SING N N 44 
WUR C8  H10 SING N N 45 
WUR C8  H11 SING N N 46 
WUR C13 H12 SING N N 47 
WUR C13 H13 SING N N 48 
WUR C13 H14 SING N N 49 
WUR C17 H15 SING N N 50 
WUR C20 H16 SING N N 51 
WUR C21 H17 SING N N 52 
WUR C22 H18 SING N N 53 
WUR C22 H19 SING N N 54 
WUR C24 H20 SING N N 55 
WUR C1  H21 SING N N 56 
WUR O1  H22 SING N N 57 
WUR C2  H23 SING N N 58 
WUR O2  H24 SING N N 59 
WUR C3  H25 SING N N 60 
WUR C3  H26 SING N N 61 
WUR O3  H27 SING N N 62 
WUR O4  H28 SING N N 63 
WUR C9  H29 SING N N 64 
WUR C9  H30 SING N N 65 
WUR C14 H31 SING N N 66 
WUR C18 H32 SING N N 67 
WUR C19 H33 SING N N 68 
WUR C23 H34 SING N N 69 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
WUR SMILES           ACDLabs              12.01 "Cc1nc2cc(ccc2n1CCCCCCN1CC(O)C(O)C(O)C1CO)c1ncccn1"                                                                                                                                             
WUR InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C24H33N5O4/c1-16-27-18-13-17(24-25-9-6-10-26-24)7-8-19(18)29(16)12-5-3-2-4-11-28-14-21(31)23(33)22(32)20(28)15-30/h6-10,13,20-23,30-33H,2-5,11-12,14-15H2,1H3/t20-,21+,22-,23-/m1/s1" 
WUR InChIKey         InChI                1.06  XPRZPIFSIBBCSM-KAOXLYBCSA-N                                                                                                                                                                     
WUR SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "Cc1nc2cc(ccc2n1CCCCCCN3C[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]3CO)c4ncccn4"                                                                                                                            
WUR SMILES           CACTVS               3.385 "Cc1nc2cc(ccc2n1CCCCCCN3C[CH](O)[CH](O)[CH](O)[CH]3CO)c4ncccn4"                                                                                                                                 
WUR SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1nc2cc(ccc2n1CCCCCCN3C[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]3CO)O)O)O)c4ncccn4"                                                                                                                           
WUR SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "Cc1nc2cc(ccc2n1CCCCCCN3CC(C(C(C3CO)O)O)O)c4ncccn4"                                                                                                                                             
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_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
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WUR "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "(2R,3R,4R,5S)-2-(hydroxymethyl)-1-{6-[2-methyl-5-(pyrimidin-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]hexyl}piperidine-3,4,5-triol"        
WUR "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-2-(hydroxymethyl)-1-[6-(2-methyl-5-pyrimidin-2-yl-benzimidazol-1-yl)hexyl]piperidine-3,4,5-triol" 
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_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
WUR "Create component" 2022-10-20 RCSB 
WUR "Initial release"  2023-02-22 RCSB 
# 
