data_RVQ
# 
_chem_comp.id                                    RVQ 
_chem_comp.name                                  "~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine" 
_chem_comp.type                                  non-polymer 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C20 H22 Cl2 N8 O" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2022-12-06 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2023-09-08 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        461.348 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     RVQ 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        8BU2 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
RVQ C10 C1  C  0 1 Y N N -64.053 25.076 0.258   -5.127 0.411  1.380  C10 RVQ 1  
RVQ C9  C2  C  0 1 Y N N -66.003 24.243 -0.957  -3.913 0.246  -0.705 C9  RVQ 2  
RVQ C8  C3  C  0 1 Y N N -64.602 24.296 -0.727  -3.933 0.497  0.677  C8  RVQ 3  
RVQ N2  N1  N  0 1 Y N N -62.626 23.506 -4.981  2.396  0.815  -0.236 N2  RVQ 4  
RVQ C7  C4  C  0 1 Y N N -65.002 22.939 -2.382  -1.880 0.723  -0.103 C7  RVQ 5  
RVQ N1  N2  N  0 1 N N N -64.872 22.735 -4.854  0.324  -0.294 -0.066 N1  RVQ 6  
RVQ C1  C5  C  0 1 N N N -64.660 21.975 -3.534  -0.396 0.978  -0.171 C1  RVQ 7  
RVQ C2  C6  C  0 1 Y N N -63.756 23.273 -5.620  1.706  -0.312 -0.104 C2  RVQ 8  
RVQ C3  C7  C  0 1 Y N N -61.565 23.965 -5.643  3.723  0.808  -0.274 C3  RVQ 9  
RVQ C4  C8  C  0 1 Y N N -62.647 24.031 -7.563  3.815  -1.483 -0.050 C4  RVQ 10 
RVQ C5  C9  C  0 1 Y N N -63.811 23.536 -6.972  2.412  -1.524 -0.005 C5  RVQ 11 
RVQ C6  C10 C  0 1 Y N N -64.194 23.858 -9.082  3.122  -3.565 0.176  C6  RVQ 12 
RVQ O1  O1  O  0 1 N N N -58.731 25.209 -2.834  5.175  4.597  0.353  O1  RVQ 13 
RVQ C11 C11 C  0 1 Y N N -64.917 25.822 1.036   -6.291 0.079  0.718  C11 RVQ 14 
RVQ C12 C12 C  0 1 Y N N -66.278 25.800 0.849   -6.277 -0.165 -0.650 C12 RVQ 15 
RVQ C13 C13 C  0 1 Y N N -66.857 25.009 -0.152  -5.102 -0.079 -1.363 C13 RVQ 16 
RVQ C14 C14 C  0 1 N N N -62.137 24.650 -9.817  5.625  -3.249 0.071  C14 RVQ 17 
RVQ C15 C15 C  0 1 N N N -60.793 23.927 -9.965  5.918  -3.967 1.390  C15 RVQ 18 
RVQ C16 C16 C  0 1 N N N -61.859 26.141 -9.548  5.843  -4.215 -1.096 C16 RVQ 19 
RVQ C17 C17 C  0 1 N N N -60.542 23.808 -3.496  5.348  2.212  0.687  C17 RVQ 20 
RVQ C18 C18 C  0 1 N N N -59.214 23.890 -2.763  6.110  3.521  0.463  C18 RVQ 21 
RVQ C19 C19 C  0 1 N N N -58.590 25.705 -4.146  4.232  4.435  -0.709 C19 RVQ 22 
RVQ C20 C20 C  0 1 N N N -59.874 25.529 -4.942  3.451  3.135  -0.497 C20 RVQ 23 
RVQ N3  N3  N  0 1 Y N N -61.518 24.231 -6.940  4.425  -0.310 -0.185 N3  RVQ 24 
RVQ N4  N4  N  0 1 Y N N -64.775 23.443 -7.961  2.054  -2.824 0.134  N4  RVQ 25 
RVQ N5  N5  N  0 1 Y N N -63.005 24.149 -8.767  4.235  -2.784 0.066  N5  RVQ 26 
RVQ N6  N6  N  0 1 N N N -60.369 24.179 -4.881  4.395  2.011  -0.413 N6  RVQ 27 
RVQ N7  N7  N  0 1 Y N N -64.218 23.510 -1.616  -2.631 0.796  1.029  N7  RVQ 28 
RVQ N8  N8  N  0 1 Y N N -66.207 23.348 -2.034  -2.628 0.402  -1.117 N8  RVQ 29 
RVQ CL1 CL1 CL 0 0 N N N -64.377 26.882 2.354   -7.782 -0.034 1.599  CL1 RVQ 30 
RVQ CL2 CL2 CL 0 0 N N N -67.194 26.832 1.963   -7.751 -0.582 -1.466 CL2 RVQ 31 
RVQ H6  H1  H  0 1 N N N -62.986 25.106 0.419   -5.144 0.599  2.443  H6  RVQ 32 
RVQ H3  H2  H  0 1 N N N -65.464 23.511 -4.639  -0.170 -1.123 0.031  H3  RVQ 33 
RVQ H1  H3  H  0 1 N N N -65.321 21.096 -3.497  -0.153 1.455  -1.120 H1  RVQ 34 
RVQ H2  H4  H  0 1 N N N -63.612 21.650 -3.452  -0.101 1.631  0.650  H2  RVQ 35 
RVQ H4  H5  H  0 1 N N N -64.645 23.931 -10.061 3.127  -4.640 0.282  H4  RVQ 36 
RVQ H7  H6  H  0 1 N N N -67.927 24.990 -0.299  -5.098 -0.274 -2.426 H7  RVQ 37 
RVQ H8  H7  H  0 1 N N N -62.665 24.577 -10.779 6.294  -2.395 -0.034 H8  RVQ 38 
RVQ H9  H8  H  0 1 N N N -60.970 22.859 -10.158 6.951  -4.313 1.393  H9  RVQ 39 
RVQ H11 H9  H  0 1 N N N -60.233 24.363 -10.805 5.762  -3.279 2.220  H11 RVQ 40 
RVQ H10 H10 H  0 1 N N N -60.212 24.041 -9.038  5.248  -4.821 1.495  H10 RVQ 41 
RVQ H14 H11 H  0 1 N N N -62.813 26.678 -9.439  6.877  -4.561 -1.092 H14 RVQ 42 
RVQ H12 H12 H  0 1 N N N -61.272 26.243 -8.623  5.174  -5.069 -0.991 H12 RVQ 43 
RVQ H13 H13 H  0 1 N N N -61.293 26.566 -10.390 5.635  -3.703 -2.035 H13 RVQ 44 
RVQ H15 H14 H  0 1 N N N -61.261 24.493 -3.023  6.053  1.381  0.715  H15 RVQ 45 
RVQ H16 H15 H  0 1 N N N -60.925 22.778 -3.440  4.808  2.262  1.633  H16 RVQ 46 
RVQ H17 H16 H  0 1 N N N -59.356 23.606 -1.710  6.693  3.450  -0.455 H17 RVQ 47 
RVQ H18 H17 H  0 1 N N N -58.491 23.207 -3.233  6.777  3.703  1.306  H18 RVQ 48 
RVQ H20 H18 H  0 1 N N N -57.778 25.160 -4.650  3.540  5.278  -0.715 H20 RVQ 49 
RVQ H19 H19 H  0 1 N N N -58.340 26.775 -4.100  4.760  4.391  -1.662 H19 RVQ 50 
RVQ H22 H20 H  0 1 N N N -59.678 25.788 -5.993  2.880  3.200  0.429  H22 RVQ 51 
RVQ H21 H21 H  0 1 N N N -60.639 26.206 -4.535  2.771  2.978  -1.334 H21 RVQ 52 
RVQ H5  H22 H  0 1 N N N -63.238 23.335 -1.713  -2.312 1.017  1.918  H5  RVQ 53 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
RVQ C15 C14 SING N N 1  
RVQ C14 C16 SING N N 2  
RVQ C14 N5  SING N N 3  
RVQ C6  N5  SING Y N 4  
RVQ C6  N4  DOUB Y N 5  
RVQ N5  C4  SING Y N 6  
RVQ N4  C5  SING Y N 7  
RVQ C4  C5  DOUB Y N 8  
RVQ C4  N3  SING Y N 9  
RVQ C5  C2  SING Y N 10 
RVQ N3  C3  DOUB Y N 11 
RVQ C3  N2  SING Y N 12 
RVQ C3  N6  SING N N 13 
RVQ C2  N2  DOUB Y N 14 
RVQ C2  N1  SING N N 15 
RVQ C20 N6  SING N N 16 
RVQ C20 C19 SING N N 17 
RVQ N6  C17 SING N N 18 
RVQ N1  C1  SING N N 19 
RVQ C19 O1  SING N N 20 
RVQ C1  C7  SING N N 21 
RVQ C17 C18 SING N N 22 
RVQ O1  C18 SING N N 23 
RVQ C7  N8  DOUB Y N 24 
RVQ C7  N7  SING Y N 25 
RVQ N8  C9  SING Y N 26 
RVQ N7  C8  SING Y N 27 
RVQ C9  C8  DOUB Y N 28 
RVQ C9  C13 SING Y N 29 
RVQ C8  C10 SING Y N 30 
RVQ C13 C12 DOUB Y N 31 
RVQ C10 C11 DOUB Y N 32 
RVQ C12 C11 SING Y N 33 
RVQ C12 CL2 SING N N 34 
RVQ C11 CL1 SING N N 35 
RVQ C10 H6  SING N N 36 
RVQ N1  H3  SING N N 37 
RVQ C1  H1  SING N N 38 
RVQ C1  H2  SING N N 39 
RVQ C6  H4  SING N N 40 
RVQ C13 H7  SING N N 41 
RVQ C14 H8  SING N N 42 
RVQ C15 H9  SING N N 43 
RVQ C15 H11 SING N N 44 
RVQ C15 H10 SING N N 45 
RVQ C16 H14 SING N N 46 
RVQ C16 H12 SING N N 47 
RVQ C16 H13 SING N N 48 
RVQ C17 H15 SING N N 49 
RVQ C17 H16 SING N N 50 
RVQ C18 H17 SING N N 51 
RVQ C18 H18 SING N N 52 
RVQ C19 H20 SING N N 53 
RVQ C19 H19 SING N N 54 
RVQ C20 H22 SING N N 55 
RVQ C20 H21 SING N N 56 
RVQ N7  H5  SING N N 57 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
RVQ InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C20H22Cl2N8O/c1-11(2)30-10-24-17-18(27-20(28-19(17)30)29-3-5-31-6-4-29)23-9-16-25-14-7-12(21)13(22)8-15(14)26-16/h7-8,10-11H,3-6,9H2,1-2H3,(H,25,26)(H,23,27,28)" 
RVQ InChIKey         InChI                1.06  DPCUNIIUTMKIKJ-UHFFFAOYSA-N                                                                                                                                                 
RVQ SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "CC(C)n1cnc2c(NCc3[nH]c4cc(Cl)c(Cl)cc4n3)nc(nc12)N5CCOCC5"                                                                                                                  
RVQ SMILES           CACTVS               3.385 "CC(C)n1cnc2c(NCc3[nH]c4cc(Cl)c(Cl)cc4n3)nc(nc12)N5CCOCC5"                                                                                                                  
RVQ SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(C)n1cnc2c1nc(nc2NCc3[nH]c4cc(c(cc4n3)Cl)Cl)N5CCOCC5"                                                                                                                    
RVQ SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "CC(C)n1cnc2c1nc(nc2NCc3[nH]c4cc(c(cc4n3)Cl)Cl)N5CCOCC5"                                                                                                                    
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           RVQ 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
RVQ "Create component" 2022-12-06 PDBE 
RVQ "Modify formula"   2023-05-15 PDBE 
RVQ "Initial release"  2023-09-13 RCSB 
# 
