data_8QN
# 
_chem_comp.id                                    8QN 
_chem_comp.name                                  "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate" 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C14 H21 N6 O9 P" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2017-02-27 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2017-07-21 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        448.325 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     8QN 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        5N9X 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
8QN O2P   O1  O 0 1 N N N 54.590 0.672 30.837 3.867  2.585  0.280  O2P   8QN 1  
8QN P10   P1  P 0 1 N N N 54.447 2.159 31.035 3.141  1.150  0.360  P10   8QN 2  
8QN O1P   O2  O 0 1 N N N 53.147 2.855 30.711 3.126  0.683  1.765  O1P   8QN 3  
8QN O3P   O3  O 0 1 N N N 55.640 2.867 30.248 3.944  0.091  -0.549 O3P   8QN 4  
8QN C     C1  C 0 1 N N N 56.944 2.259 30.397 5.194  -0.214 -0.169 C     8QN 5  
8QN CA    C2  C 0 1 N N S 57.925 2.237 29.265 6.007  -1.198 -0.971 CA    8QN 6  
8QN N     N1  N 0 1 N N N 58.048 3.550 28.643 7.433  -1.014 -0.672 N     8QN 7  
8QN CB    C3  C 0 1 N N R 59.260 1.745 29.836 5.589  -2.623 -0.604 CB    8QN 8  
8QN OG1   O4  O 0 1 N N N 60.002 2.820 30.459 5.706  -2.805 0.808  OG1   8QN 9  
8QN CG2   C4  C 0 1 N N N 60.088 1.009 28.776 6.497  -3.622 -1.324 CG2   8QN 10 
8QN O     O5  O 0 1 N N N 57.220 1.746 31.471 5.669  0.300  0.816  O     8QN 11 
8QN "O5'" O6  O 0 1 N N N 54.846 2.476 32.562 1.630  1.282  -0.178 "O5'" 8QN 12 
8QN "C5'" C5  C 0 1 N N N 55.213 3.778 33.013 0.635  2.068  0.482  "C5'" 8QN 13 
8QN "C4'" C6  C 0 1 N N R 55.764 3.579 34.408 -0.683 1.974  -0.290 "C4'" 8QN 14 
8QN "C3'" C7  C 0 1 N N S 55.995 4.869 35.176 -1.739 2.914  0.333  "C3'" 8QN 15 
8QN "O3'" O7  O 0 1 N N N 54.816 5.209 35.913 -1.815 4.138  -0.399 "O3'" 8QN 16 
8QN "C2'" C8  C 0 1 N N R 57.131 4.532 36.124 -3.062 2.126  0.210  "C2'" 8QN 17 
8QN "O2'" O8  O 0 1 N N N 56.623 4.158 37.397 -3.996 2.839  -0.603 "O2'" 8QN 18 
8QN "C1'" C9  C 0 1 N N R 57.776 3.301 35.517 -2.649 0.803  -0.474 "C1'" 8QN 19 
8QN "O4'" O9  O 0 1 N N N 57.023 2.922 34.358 -1.247 0.651  -0.164 "O4'" 8QN 20 
8QN N9    N2  N 0 1 Y N N 59.195 3.499 35.120 -3.420 -0.316 0.074  N9    8QN 21 
8QN C4    C10 C 0 1 Y N N 60.220 3.776 35.926 -4.666 -0.720 -0.333 C4    8QN 22 
8QN C5    C11 C 0 1 Y N N 61.417 3.830 35.059 -4.998 -1.822 0.473  C5    8QN 23 
8QN N7    N3  N 0 1 Y N N 60.996 3.567 33.816 -3.957 -2.030 1.313  N7    8QN 24 
8QN C8    C12 C 0 1 Y N N 59.666 3.372 33.872 -3.027 -1.151 1.077  C8    8QN 25 
8QN N3    N4  N 0 1 Y N N 60.378 4.018 37.248 -5.533 -0.307 -1.252 N3    8QN 26 
8QN C2    C13 C 0 1 Y N N 61.614 4.298 37.726 -6.687 -0.920 -1.409 C2    8QN 27 
8QN N1    N5  N 0 1 Y N N 62.751 4.357 36.998 -7.043 -1.959 -0.676 N1    8QN 28 
8QN C6    C14 C 0 1 Y N N 62.732 4.135 35.677 -6.242 -2.443 0.267  C6    8QN 29 
8QN N6    N6  N 0 1 N N N 63.861 4.179 34.933 -6.623 -3.533 1.030  N6    8QN 30 
8QN H1    H1  H 0 1 N N N 53.775 0.317 30.503 3.913  2.952  -0.614 H1    8QN 31 
8QN H2    H2  H 0 1 N N N 57.582 1.510 28.514 5.834  -1.031 -2.034 H2    8QN 32 
8QN H3    H3  H 0 1 N N N 57.159 3.834 28.284 7.749  -0.101 -0.965 H3    8QN 33 
8QN H4    H4  H 0 1 N N N 58.360 4.213 29.323 7.620  -1.163 0.308  H4    8QN 34 
8QN H6    H6  H 0 1 N N N 59.018 1.008 30.616 4.555  -2.788 -0.907 H6    8QN 35 
8QN H7    H7  H 0 1 N N N 59.455 3.249 31.107 5.457  -3.689 1.113  H7    8QN 36 
8QN H8    H8  H 0 1 N N N 61.036 0.671 29.220 6.408  -3.484 -2.401 H8    8QN 37 
8QN H9    H9  H 0 1 N N N 59.524 0.138 28.410 7.531  -3.457 -1.021 H9    8QN 38 
8QN H10   H10 H 0 1 N N N 60.298 1.689 27.937 6.200  -4.638 -1.062 H10   8QN 39 
8QN H11   H11 H 0 1 N N N 55.980 4.212 32.354 0.489  1.693  1.495  H11   8QN 40 
8QN H12   H12 H 0 1 N N N 54.334 4.439 33.037 0.960  3.107  0.522  H12   8QN 41 
8QN H13   H13 H 0 1 N N N 55.051 2.964 34.976 -0.526 2.224  -1.339 H13   8QN 42 
8QN H14   H14 H 0 1 N N N 56.293 5.676 34.490 -1.505 3.110  1.380  H14   8QN 43 
8QN H15   H15 H 0 1 N N N 54.963 6.016 36.392 -2.463 4.766  -0.051 H15   8QN 44 
8QN H16   H16 H 0 1 N N N 57.850 5.362 36.186 -3.486 1.933  1.196  H16   8QN 45 
8QN H17   H17 H 0 1 N N N 57.345 3.950 37.978 -4.244 3.705  -0.250 H17   8QN 46 
8QN H18   H18 H 0 1 N N N 57.731 2.490 36.259 -2.795 0.872  -1.552 H18   8QN 47 
8QN H19   H19 H 0 1 N N N 59.052 3.141 33.014 -2.086 -1.088 1.603  H19   8QN 48 
8QN H20   H20 H 0 1 N N N 61.699 4.492 38.785 -7.369 -0.559 -2.165 H20   8QN 49 
8QN H21   H21 H 0 1 N N N 64.641 4.392 35.522 -6.030 -3.877 1.715  H21   8QN 50 
8QN H22   H22 H 0 1 N N N 64.007 3.292 34.496 -7.485 -3.954 0.878  H22   8QN 51 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
8QN N     CA    SING N N 1  
8QN CG2   CB    SING N N 2  
8QN CA    CB    SING N N 3  
8QN CA    C     SING N N 4  
8QN CB    OG1   SING N N 5  
8QN O3P   C     SING N N 6  
8QN O3P   P10   SING N N 7  
8QN C     O     DOUB N N 8  
8QN O1P   P10   DOUB N N 9  
8QN O2P   P10   SING N N 10 
8QN P10   "O5'" SING N N 11 
8QN "O5'" "C5'" SING N N 12 
8QN "C5'" "C4'" SING N N 13 
8QN N7    C8    DOUB Y N 14 
8QN N7    C5    SING Y N 15 
8QN C8    N9    SING Y N 16 
8QN "O4'" "C4'" SING N N 17 
8QN "O4'" "C1'" SING N N 18 
8QN "C4'" "C3'" SING N N 19 
8QN N6    C6    SING N N 20 
8QN C5    C6    DOUB Y N 21 
8QN C5    C4    SING Y N 22 
8QN N9    "C1'" SING N N 23 
8QN N9    C4    SING Y N 24 
8QN "C3'" "O3'" SING N N 25 
8QN "C3'" "C2'" SING N N 26 
8QN "C1'" "C2'" SING N N 27 
8QN C6    N1    SING Y N 28 
8QN C4    N3    DOUB Y N 29 
8QN "C2'" "O2'" SING N N 30 
8QN N1    C2    DOUB Y N 31 
8QN N3    C2    SING Y N 32 
8QN O2P   H1    SING N N 33 
8QN CA    H2    SING N N 34 
8QN N     H3    SING N N 35 
8QN N     H4    SING N N 36 
8QN CB    H6    SING N N 37 
8QN OG1   H7    SING N N 38 
8QN CG2   H8    SING N N 39 
8QN CG2   H9    SING N N 40 
8QN CG2   H10   SING N N 41 
8QN "C5'" H11   SING N N 42 
8QN "C5'" H12   SING N N 43 
8QN "C4'" H13   SING N N 44 
8QN "C3'" H14   SING N N 45 
8QN "O3'" H15   SING N N 46 
8QN "C2'" H16   SING N N 47 
8QN "O2'" H17   SING N N 48 
8QN "C1'" H18   SING N N 49 
8QN C8    H19   SING N N 50 
8QN C2    H20   SING N N 51 
8QN N6    H21   SING N N 52 
8QN N6    H22   SING N N 53 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
8QN InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C14H21N6O9P/c1-5(21)7(15)14(24)29-30(25,26)27-2-6-9(22)10(23)13(28-6)20-4-19-8-11(16)17-3-18-12(8)20/h3-7,9-10,13,21-23H,2,15H2,1H3,(H,25,26)(H2,16,17,18)/t5-,6-,7+,9-,10-,13-/m1/s1" 
8QN InChIKey         InChI                1.03  YYBNSQASHCKPHX-DWVDDHQFSA-N                                                                                                                                                                      
8QN SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "C[C@@H](O)[C@H](N)C(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)n2cnc3c(N)ncnc23"                                                                                                             
8QN SMILES           CACTVS               3.385 "C[CH](O)[CH](N)C(=O)O[P](O)(=O)OC[CH]1O[CH]([CH](O)[CH]1O)n2cnc3c(N)ncnc23"                                                                                                                     
8QN SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "C[C@H]([C@@H](C(=O)OP(=O)(O)OC[C@@H]1[C@H]([C@H]([C@@H](O1)n2cnc3c2ncnc3N)O)O)N)O"                                                                                                              
8QN SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CC(C(C(=O)OP(=O)(O)OCC1C(C(C(O1)n2cnc3c2ncnc3N)O)O)N)O"                                                                                                                                         
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
8QN "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
8QN "Create component"   2017-02-27 RCSB 
8QN "Other modification" 2017-02-27 EBI  
8QN "Initial release"    2017-07-26 RCSB 
# 
