data_VAI
# 
_chem_comp.id                                    VAI 
_chem_comp.name                                  "(2S)-2-amino-3-methylbutane-1,1-diol" 
_chem_comp.type                                  peptide-like 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C5 H13 N O2" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               VAL 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2011-02-01 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-09-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        119.162 
_chem_comp.one_letter_code                       V 
_chem_comp.three_letter_code                     VAI 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        1PPG 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  RCSB 
_chem_comp.pdbx_pcm                              Y 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
VAI C    C    C 0 1 N N N Y N Y -7.575 32.724 -0.632 1.144  0.498  -0.132 C    VAI 1  
VAI N    N    N 0 1 N N N Y Y N -7.367 34.963 -1.795 0.154  -1.732 0.079  N    VAI 2  
VAI O    O    O 0 1 N N N Y N Y -6.893 31.935 0.384  1.434  0.454  1.267  O    VAI 3  
VAI CA   CA   C 0 1 N N S Y N N -7.119 34.183 -0.567 -0.079 -0.373 -0.427 CA   VAI 4  
VAI CB   CB   C 0 1 N N N N N N -7.851 34.875 0.607  -1.309 0.224  0.261  CB   VAI 5  
VAI CG1  CG1  C 0 1 N N N N N N -7.354 36.335 0.763  -1.551 1.639  -0.267 CG1  VAI 6  
VAI CG2  CG2  C 0 1 N N N N N N -9.376 34.813 0.390  -2.531 -0.647 -0.034 CG2  VAI 7  
VAI H1   H    H 0 1 N N N Y N Y -8.660 32.679 -0.455 0.937  1.527  -0.427 H1   VAI 8  
VAI OXT  O2   O 0 1 N Y N Y N Y -7.258 32.194 -1.922 2.266  0.008  -0.867 OXT  VAI 9  
VAI H    HN   H 0 1 N N N Y Y N -7.041 35.900 -1.667 0.313  -1.724 1.076  H    VAI 10 
VAI H2   HNA  H 0 1 N Y N Y Y N -6.881 34.542 -2.561 -0.612 -2.343 -0.160 H2   VAI 11 
VAI HO   HO   H 0 1 N N N Y N Y -7.185 31.032 0.333  1.628  -0.433 1.600  HO   VAI 12 
VAI HA   HAA  H 0 1 N N N Y N N -6.028 34.157 -0.433 -0.247 -0.410 -1.503 HA   VAI 13 
VAI HB   HB   H 0 1 N N N N N N -7.622 34.343 1.542  -1.140 0.261  1.337  HB   VAI 14 
VAI HG11 HG1  H 0 0 N N N N N N -7.882 36.815 1.600  -1.720 1.602  -1.343 HG11 VAI 15 
VAI HG12 HG1A H 0 0 N N N N N N -6.272 36.335 0.964  -2.428 2.064  0.223  HG12 VAI 16 
VAI HG13 HG1B H 0 0 N N N N N N -7.555 36.892 -0.164 -0.680 2.260  -0.056 HG13 VAI 17 
VAI HG21 HG2  H 0 0 N N N N N N -9.887 35.307 1.230  -2.358 -1.656 0.341  HG21 VAI 18 
VAI HG22 HG2A H 0 0 N N N N N N -9.634 35.325 -0.549 -3.407 -0.222 0.456  HG22 VAI 19 
VAI HG23 HG2B H 0 0 N N N N N N -9.696 33.762 0.334  -2.699 -0.685 -1.111 HG23 VAI 20 
VAI HXT  H13  H 0 1 N Y N Y N Y -7.538 31.288 -1.970 3.079  0.514  -0.728 HXT  VAI 21 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
VAI C   CA   SING N N 1  
VAI C   O    SING N N 2  
VAI C   H1   SING N N 3  
VAI C   OXT  SING N N 4  
VAI N   CA   SING N N 5  
VAI N   H    SING N N 6  
VAI N   H2   SING N N 7  
VAI O   HO   SING N N 8  
VAI CA  CB   SING N N 9  
VAI CA  HA   SING N N 10 
VAI CB  CG1  SING N N 11 
VAI CB  HB   SING N N 12 
VAI CG1 HG11 SING N N 13 
VAI CG1 HG12 SING N N 14 
VAI CG1 HG13 SING N N 15 
VAI CG2 CB   SING N N 16 
VAI CG2 HG21 SING N N 17 
VAI CG2 HG22 SING N N 18 
VAI CG2 HG23 SING N N 19 
VAI OXT HXT  SING N N 20 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
VAI SMILES           ACDLabs              12.01 "OC(O)C(N)C(C)C"                                                   
VAI SMILES_CANONICAL CACTVS               3.370 "CC(C)[C@H](N)C(O)O"                                               
VAI SMILES           CACTVS               3.370 "CC(C)[CH](N)C(O)O"                                                
VAI SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.7.0 "CC(C)[C@@H](C(O)O)N"                                              
VAI SMILES           "OpenEye OEToolkits" 1.7.0 "CC(C)C(C(O)O)N"                                                   
VAI InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C5H13NO2/c1-3(2)4(6)5(7)8/h3-5,7-8H,6H2,1-2H3/t4-/m0/s1" 
VAI InChIKey         InChI                1.03  DGPFFTCLBDZSBH-BYPYZUCNSA-N                                        
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
VAI "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "(2S)-2-amino-3-methylbutane-1,1-diol"   
VAI "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.7.0 "(2S)-2-azanyl-3-methyl-butane-1,1-diol" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
VAI "Create component"       2011-02-01 RCSB 
VAI "Modify descriptor"      2011-06-04 RCSB 
VAI "Modify one letter code" 2024-04-24 PDBE 
VAI "Modify backbone"        2024-05-14 PDBE 
VAI "Modify PCM"             2024-09-27 PDBE 
# 
_pdbx_chem_comp_pcm.pcm_id                             1 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id                            VAI 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id                VAL 
_pdbx_chem_comp_pcm.type                               Hydrogenation 
_pdbx_chem_comp_pcm.category                           "Named protein modification" 
_pdbx_chem_comp_pcm.position                           "Amino-acid backbone" 
_pdbx_chem_comp_pcm.polypeptide_position               "Any position" 
_pdbx_chem_comp_pcm.comp_id_linking_atom               ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.modified_residue_id_linking_atom   ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_specific_ptm_accession     ? 
_pdbx_chem_comp_pcm.uniprot_generic_ptm_accession      ? 
# 
