data_D5E
#

_chem_comp.id                                   D5E
_chem_comp.name                                 paromamine
_chem_comp.type                                 D-saccharide
_chem_comp.pdbx_type                            ATOMS
_chem_comp.formula                              "C12 H25 N3 O7"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              PA1
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2017-12-21
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2020-07-17
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       323.343
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    D5E
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       6FD2
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
D5E  C4A   C4     C  0  1  N  N  R  80.895  -52.454  -11.087  -1.147  -0.000   0.105  C4A   D5E   1  
D5E  C5A   C5     C  0  1  N  N  R  80.346  -53.913  -10.942  -2.194  -1.088  -0.146  C5A   D5E   2  
D5E  O1    O4     O  0  1  N  N  N  80.551  -51.868  -12.366   0.107  -0.609   0.417  O1    D5E   3  
D5E  C6A   C6     C  0  1  N  N  S  80.812  -54.519   -9.648  -3.537  -0.435  -0.481  C6A   D5E   4  
D5E  N1    N1     N  0  1  N  N  N  82.838  -55.124   -8.297  -5.273   1.069   0.369  N1    D5E   5  
D5E  O5A   O5     O  0  1  N  N  N  78.896  -53.986  -11.036  -1.776  -1.908  -1.239  O5A   D5E   6  
D5E  O6A   O6     O  0  1  N  N  N  80.382  -55.903   -9.623  -4.514  -1.451  -0.714  O6A   D5E   7  
D5E  N3    N3     N  0  1  N  N  N  82.888  -51.032  -11.076  -0.589   1.922   1.516  N3    D5E   8  
D5E  C1A   C1     C  0  1  N  N  R  82.356  -54.463   -9.530  -3.983   0.442   0.690  C1A   D5E   9  
D5E  C2A   C2     C  0  1  N  N  N  82.818  -53.020   -9.571  -2.937   1.530   0.941  C2A   D5E  10  
D5E  C3A   C3     C  0  1  N  N  S  82.390  -52.416  -10.926  -1.594   0.878   1.275  C3A   D5E  11  
D5E  C1    "C1'"  C  0  1  N  N  S  79.215  -51.490  -12.686   0.899  -0.930  -0.728  C1    D5E  12  
D5E  C2    "C2'"  C  0  1  N  N  R  79.181  -51.154  -14.160   2.082  -1.804  -0.303  C2    D5E  13  
D5E  N2    "N2'"  N  0  1  N  N  N  79.584  -52.338  -14.927   1.582  -3.017   0.360  N2    D5E  14  
D5E  C3    "C3'"  C  0  1  N  N  R  80.104  -49.979  -14.463   2.966  -1.016   0.668  C3    D5E  15  
D5E  O3    "O3'"  O  0  1  N  N  N  80.066  -49.675  -15.861   4.111  -1.798   1.013  O3    D5E  16  
D5E  C4    "C4'"  C  0  1  N  N  S  79.661  -48.780  -13.662   3.417   0.282  -0.009  C4    D5E  17  
D5E  O4    "O4'"  O  0  1  N  N  N  80.523  -47.665  -13.964   4.184   1.059   0.913  O4    D5E  18  
D5E  C5    "C5'"  C  0  1  N  N  R  79.753  -49.171  -12.185   2.183   1.076  -0.445  C5    D5E  19  
D5E  O5    "O5'"  O  0  1  N  N  N  78.878  -50.313  -11.917   1.389   0.274  -1.322  O5    D5E  20  
D5E  C6    "C6'"  C  0  1  N  N  N  79.418  -47.982  -11.270   2.626   2.345  -1.176  C6    D5E  21  
D5E  O6    "O6'"  O  0  1  N  N  N  79.600  -48.369   -9.900   1.480   3.143  -1.481  O6    D5E  22  
D5E  H1A   H1     H  0  1  N  N  N  80.446  -51.850  -10.284  -1.040   0.614  -0.790  H1A   D5E  23  
D5E  H2A   H2     H  0  1  N  N  N  80.777  -54.503  -11.764  -2.301  -1.701   0.749  H2A   D5E  24  
D5E  H3A   H3     H  0  1  N  N  N  80.370  -53.968   -8.805  -3.430   0.178  -1.375  H3A   D5E  25  
D5E  H4A   H4     H  0  1  N  N  N  83.836  -55.068   -8.256  -5.589   1.654   1.127  H4A   D5E  26  
D5E  H5A   H5     H  0  1  N  N  N  82.446  -54.667   -7.499  -5.216   1.591  -0.492  H5A   D5E  27  
D5E  H7    H7     H  0  1  N  N  N  78.617  -54.889  -10.942  -2.394  -2.620  -1.454  H7    D5E  28  
D5E  H8    H8     H  0  1  N  N  N  80.666  -56.309   -8.812  -4.296  -2.046  -1.444  H8    D5E  29  
D5E  H9    H9     H  0  1  N  N  N  83.882  -51.021  -10.967  -0.913   2.584   2.205  H9    D5E  30  
D5E  H10   H10    H  0  1  N  N  N  82.649  -50.688  -11.984   0.294   1.518   1.789  H10   D5E  31  
D5E  H12   H12    H  0  1  N  N  N  82.780  -54.986  -10.400  -4.090  -0.171   1.584  H12   D5E  32  
D5E  H13   H13    H  0  1  N  N  N  83.913  -52.976   -9.473  -2.829   2.144   0.046  H13   D5E  33  
D5E  H14   H14    H  0  1  N  N  N  82.353  -52.457   -8.748  -3.255   2.155   1.775  H14   D5E  34  
D5E  H15   H15    H  0  1  N  N  N  82.835  -53.033  -11.721  -1.701   0.264   2.170  H15   D5E  35  
D5E  H1    H16    H  0  1  N  N  N  78.511  -52.308  -12.474   0.289  -1.470  -1.452  H1    D5E  36  
D5E  H2    H17    H  0  1  N  N  N  78.154  -50.873  -14.435   2.663  -2.083  -1.181  H2    D5E  37  
D5E  HN21  H18    H  0  0  N  N  N  78.969  -53.098  -14.716   0.992  -3.551  -0.260  HN21  D5E  38  
D5E  HN22  H19    H  0  0  N  Y  N  79.538  -52.133  -15.905   2.345  -3.579   0.707  HN22  D5E  39  
D5E  H3    H21    H  0  1  N  N  N  81.128  -50.249  -14.165   2.399  -0.780   1.569  H3    D5E  40  
D5E  HO3   H22    H  0  1  N  Y  N  80.643  -48.942  -16.042   4.717  -1.360   1.627  HO3   D5E  41  
D5E  H4    H23    H  0  1  N  N  N  78.617  -48.538  -13.909   4.026   0.045  -0.881  H4    D5E  42  
D5E  HO4   H24    H  0  1  N  Y  N  80.248  -46.907  -13.462   4.503   1.897   0.551  HO4   D5E  43  
D5E  H5    H25    H  0  1  N  N  N  80.792  -49.469  -11.980   1.596   1.347   0.432  H5    D5E  44  
D5E  H61   H26    H  0  1  N  N  N  80.084  -47.139  -11.505   3.305   2.913  -0.539  H61   D5E  45  
D5E  H62   H27    H  0  1  N  N  N  78.373  -47.679  -11.430   3.136   2.074  -2.100  H62   D5E  46  
D5E  HO6   H28    H  0  1  N  Y  N  79.393  -47.635   -9.333   1.686   3.966  -1.945  HO6   D5E  47  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
D5E  O3   C3    SING  N  N   1  
D5E  N2   C2    SING  N  N   2  
D5E  C3   C2    SING  N  N   3  
D5E  C3   C4    SING  N  N   4  
D5E  C2   C1    SING  N  N   5  
D5E  O4   C4    SING  N  N   6  
D5E  C4   C5    SING  N  N   7  
D5E  C1   O1    SING  N  N   8  
D5E  C1   O5    SING  N  N   9  
D5E  O1   C4A   SING  N  N  10  
D5E  C5   O5    SING  N  N  11  
D5E  C5   C6    SING  N  N  12  
D5E  C6   O6    SING  N  N  13  
D5E  C4A  C5A   SING  N  N  14  
D5E  C4A  C3A   SING  N  N  15  
D5E  N3   C3A   SING  N  N  16  
D5E  O5A  C5A   SING  N  N  17  
D5E  C5A  C6A   SING  N  N  18  
D5E  C3A  C2A   SING  N  N  19  
D5E  C6A  O6A   SING  N  N  20  
D5E  C6A  C1A   SING  N  N  21  
D5E  C2A  C1A   SING  N  N  22  
D5E  C1A  N1    SING  N  N  23  
D5E  C4A  H1A   SING  N  N  24  
D5E  C5A  H2A   SING  N  N  25  
D5E  C6A  H3A   SING  N  N  26  
D5E  N1   H4A   SING  N  N  27  
D5E  N1   H5A   SING  N  N  28  
D5E  O5A  H7    SING  N  N  29  
D5E  O6A  H8    SING  N  N  30  
D5E  N3   H9    SING  N  N  31  
D5E  N3   H10   SING  N  N  32  
D5E  C1A  H12   SING  N  N  33  
D5E  C2A  H13   SING  N  N  34  
D5E  C2A  H14   SING  N  N  35  
D5E  C3A  H15   SING  N  N  36  
D5E  C1   H1    SING  N  N  37  
D5E  C2   H2    SING  N  N  38  
D5E  N2   HN21  SING  N  N  39  
D5E  N2   HN22  SING  N  N  40  
D5E  C3   H3    SING  N  N  41  
D5E  O3   HO3   SING  N  N  42  
D5E  C4   H4    SING  N  N  43  
D5E  O4   HO4   SING  N  N  44  
D5E  C5   H5    SING  N  N  45  
D5E  C6   H61   SING  N  N  46  
D5E  C6   H62   SING  N  N  47  
D5E  O6   HO6   SING  N  N  48  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
D5E  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C12H25N3O7/c13-3-1-4(14)11(10(20)7(3)17)22-12-6(15)9(19)8(18)5(2-16)21-12/h3-12,16-20H,1-2,13-15H2/t3-,4+,5-,6-,7+,8-,9-,10-,11-,12-/m1/s1"  
D5E  InChIKey          InChI                 1.03   JGSMDVGTXBPWIM-HKEUSBCWSA-N  
D5E  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "N[C@@H]1C[C@H](N)[C@@H](O[C@H]2O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]2N)[C@H](O)[C@H]1O"  
D5E  SMILES            CACTVS                3.385  "N[CH]1C[CH](N)[CH](O[CH]2O[CH](CO)[CH](O)[CH](O)[CH]2N)[CH](O)[CH]1O"  
D5E  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.6  "C1[C@H]([C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H]1N)O[C@@H]2[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O2)CO)O)O)N)O)O)N"  
D5E  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.6  "C1C(C(C(C(C1N)OC2C(C(C(C(O2)CO)O)O)N)O)O)N"  
#
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id          D5E
_pdbx_chem_comp_identifier.type             "SYSTEMATIC NAME"
_pdbx_chem_comp_identifier.program          "OpenEye OEToolkits"
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version  2.0.6
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier       
;(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-5-azanyl-6-[(1~{R},2~{R},3~{S},4~{R},6~{S})-4,6-bis(azanyl)-2,3-bis(oxidanyl)cyclohexyl
]oxy-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol
;

#
_pdbx_chem_comp_related.comp_id            D5E
_pdbx_chem_comp_related.related_comp_id    PA1
_pdbx_chem_comp_related.relationship_type  "Carbohydrate core"
_pdbx_chem_comp_related.details            ?
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_atom_related.ordinal
_pdbx_chem_comp_atom_related.comp_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.atom_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.related_comp_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.related_atom_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.related_type
 1  D5E  C1    PA1  C1    "Carbohydrate core"  
 2  D5E  C2    PA1  C2    "Carbohydrate core"  
 3  D5E  C3    PA1  C3    "Carbohydrate core"  
 4  D5E  C4    PA1  C4    "Carbohydrate core"  
 5  D5E  C5    PA1  C5    "Carbohydrate core"  
 6  D5E  C6    PA1  C6    "Carbohydrate core"  
 7  D5E  N2    PA1  N2    "Carbohydrate core"  
 8  D5E  O3    PA1  O3    "Carbohydrate core"  
 9  D5E  O1    PA1  O1    "Carbohydrate core"  
10  D5E  O4    PA1  O4    "Carbohydrate core"  
11  D5E  O5    PA1  O5    "Carbohydrate core"  
12  D5E  O6    PA1  O6    "Carbohydrate core"  
13  D5E  H1    PA1  H1    "Carbohydrate core"  
14  D5E  H2    PA1  H2    "Carbohydrate core"  
15  D5E  HN21  PA1  HN21  "Carbohydrate core"  
16  D5E  HN22  PA1  HN22  "Carbohydrate core"  
17  D5E  H3    PA1  H3    "Carbohydrate core"  
18  D5E  HO3   PA1  HO3   "Carbohydrate core"  
19  D5E  H4    PA1  H4    "Carbohydrate core"  
20  D5E  HO4   PA1  HO4   "Carbohydrate core"  
21  D5E  H5    PA1  H5    "Carbohydrate core"  
22  D5E  H61   PA1  H61   "Carbohydrate core"  
23  D5E  H62   PA1  H62   "Carbohydrate core"  
24  D5E  HO6   PA1  HO6   "Carbohydrate core"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_feature.comp_id
_pdbx_chem_comp_feature.type
_pdbx_chem_comp_feature.value
_pdbx_chem_comp_feature.source
_pdbx_chem_comp_feature.support
D5E  "CARBOHYDRATE ISOMER"                  D         PDB  ?  
D5E  "CARBOHYDRATE RING"                    pyranose  PDB  ?  
D5E  "CARBOHYDRATE ANOMER"                  alpha     PDB  ?  
D5E  "CARBOHYDRATE PRIMARY CARBONYL GROUP"  aldose    PDB  ?  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
D5E  "Create component"          2017-12-21  RCSB  
D5E  "Initial release"           2018-01-17  RCSB  
D5E  "Other modification"        2020-07-03  RCSB  
D5E  "Modify parent residue"     2020-07-17  RCSB  
D5E  "Modify internal type"      2020-07-17  RCSB  
D5E  "Modify linking type"       2020-07-17  RCSB  
D5E  "Modify atom id"            2020-07-17  RCSB  
D5E  "Modify component atom id"  2020-07-17  RCSB  
D5E  "Modify leaving atom flag"  2020-07-17  RCSB  
##
