data_WYD
# 
_chem_comp.id                                    WYD 
_chem_comp.name                                  
;~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-4-[[1-[[3-(3-azanylprop-1-ynyl)phenyl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-2-propoxy-oxan-3-yl]ethanamide
;
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C30 H43 N5 O11" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2017-01-20 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2018-02-23 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        649.689 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     WYD 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        5MWX 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  EBI 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
WYD C4  C1  C 0 1 N N S -1.704 31.064 17.708 4.008   -0.236 0.018  C4  WYD 1  
WYD C5  C2  C 0 1 N N R -2.985 31.405 18.453 4.748   -1.530 -0.331 C5  WYD 2  
WYD C6  C3  C 0 1 N N N -3.137 30.456 19.647 4.019   -2.242 -1.473 C6  WYD 3  
WYD C7  C4  C 0 1 N N N -0.267 35.395 16.304 8.043   2.163  1.418  C7  WYD 4  
WYD C8  C5  C 0 1 N N N 0.367  35.283 17.701 8.830   2.819  2.523  C8  WYD 5  
WYD N2  N1  N 0 1 N N N -1.160 34.424 16.083 6.973   1.398  1.716  N2  WYD 6  
WYD C3  C6  C 0 1 N N R -1.453 32.052 16.574 4.776   0.500  1.120  C3  WYD 7  
WYD C1  C7  C 0 1 N N R -2.675 33.743 17.988 6.863   -0.572 0.269  C1  WYD 8  
WYD C2  C8  C 0 1 N N R -1.385 33.451 17.164 6.208   0.760  0.642  C2  WYD 9  
WYD CAF C9  C 0 1 Y N N -2.341 21.367 10.537 -10.547 -1.148 0.014  CAF WYD 10 
WYD CAH C10 C 0 1 N N S -0.772 26.257 17.678 -0.822  0.100  -0.678 CAH WYD 11 
WYD CAI C11 C 0 1 N N N -2.850 37.443 18.485 10.310  -1.146 -1.032 CAI WYD 12 
WYD CAJ C12 C 0 1 N N N -0.773 23.850 17.708 -2.595  -1.513 -0.745 CAJ WYD 13 
WYD CAK C13 C 0 1 N N S -1.136 28.720 17.783 1.648   -0.018 -0.341 CAK WYD 14 
WYD CAN C14 C 0 1 N N N -4.872 18.467 7.535  -10.899 3.506  -1.569 CAN WYD 15 
WYD CAO C15 C 0 1 Y N N -2.586 20.638 13.209 -8.101  -1.315 1.310  CAO WYD 16 
WYD CAP C16 C 0 1 Y N N -1.782 21.745 12.840 -8.924  -2.424 1.226  CAP WYD 17 
WYD CAQ C17 C 0 1 N N R -1.569 27.380 17.097 0.294   -0.520 0.168  CAQ WYD 18 
WYD CAR C18 C 0 1 N N N 2.548  28.254 18.354 0.828   3.564  -0.977 CAR WYD 19 
WYD CAS C19 C 0 1 Y N N -0.983 22.613 16.784 -3.931  -1.846 -0.134 CAS WYD 20 
WYD CAU C20 C 0 1 N N N -2.014 38.663 17.955 11.105  -2.419 -1.327 CAU WYD 21 
WYD CAV C21 C 0 1 N N N -2.851 36.114 17.698 8.923   -1.521 -0.506 CAV WYD 22 
WYD CAX C22 C 0 1 N N R 1.034  27.934 18.277 0.685   2.045  -1.094 CAX WYD 23 
WYD CAY C23 C 0 1 N N S 0.709  26.597 17.484 -0.708  1.626  -0.615 CAY WYD 24 
WYD CAZ C24 C 0 1 N N N -3.787 19.591 9.760  -10.136 1.214  -0.489 CAZ WYD 25 
WYD CBA C25 C 0 1 Y N N -1.644 22.095 11.494 -10.144 -2.340 0.580  CBA WYD 26 
WYD CBB C26 C 0 1 Y N N -3.265 19.899 12.225 -8.493  -0.117 0.749  CBB WYD 27 
WYD CBD C27 C 0 1 Y N N -2.116 22.265 16.162 -4.586  -1.139 0.816  CBD WYD 28 
WYD CBE C28 C 0 1 N N N -2.726 20.264 14.576 -6.773  -1.416 2.016  CBE WYD 29 
WYD CBG C29 C 0 1 N N N -4.310 19.070 8.697  -10.474 2.231  -0.968 CBG WYD 30 
WYD CBI C30 C 0 1 Y N N -3.133 20.281 10.888 -9.722  -0.026 0.095  CBI WYD 31 
WYD NAA N2  N 0 1 N N N -4.011 17.348 7.063  -12.156 3.945  -0.947 NAA WYD 32 
WYD NAB N3  N 0 1 Y N N -0.574 20.781 15.690 -5.767  -2.846 0.297  NAB WYD 33 
WYD NAC N4  N 0 1 Y N N -1.851 21.128 15.472 -5.738  -1.807 1.057  NAC WYD 34 
WYD NAE N5  N 0 1 Y N N -0.037 21.723 16.502 -4.707  -2.895 -0.430 NAE WYD 35 
WYD O1  O1  O 0 1 N N N -2.552 35.044 18.621 8.180   -0.332 -0.231 O1  WYD 36 
WYD O3  O2  O 0 1 N N N -0.174 31.758 15.984 4.132   1.745  1.401  O3  WYD 37 
WYD O4  O3  O 0 1 N N N -1.831 29.756 17.124 2.691   -0.549 0.479  O4  WYD 38 
WYD O5  O4  O 0 1 N N N -2.868 32.719 19.006 6.082   -1.219 -0.738 O5  WYD 39 
WYD O6  O5  O 0 1 N N N -4.451 30.590 20.180 4.640   -3.505 -1.720 O6  WYD 40 
WYD O7  O6  O 0 1 N N N 0.039  36.268 15.490 8.371   2.323  0.262  O7  WYD 41 
WYD OBK O7  O 0 1 N N N -2.981 27.107 17.258 0.241   -1.944 0.059  OBK WYD 42 
WYD OBL O8  O 0 1 N N N 2.832  29.533 19.007 2.082   3.968  -1.531 OBL WYD 43 
WYD OBP O9  O 0 1 N N N -1.139 25.032 16.982 -2.093  -0.307 -0.165 OBP WYD 44 
WYD OBQ O10 O 0 1 N N N 1.066  26.695 16.046 -0.902  2.065  0.731  OBQ WYD 45 
WYD OBR O11 O 0 1 N N N 0.291  28.971 17.644 1.676   1.410  -0.285 OBR WYD 46 
WYD H1  H1  H 0 1 N N N -0.857 31.092 18.409 3.943   0.397  -0.867 H1  WYD 47 
WYD H2  H2  H 0 1 N N N -3.854 31.319 17.784 4.776   -2.180 0.543  H2  WYD 48 
WYD H3  H3  H 0 1 N N N -2.977 29.419 19.317 2.976   -2.398 -1.198 H3  WYD 49 
WYD H4  H4  H 0 1 N N N -2.397 30.713 20.419 4.070   -1.630 -2.374 H4  WYD 50 
WYD H5  H5  H 0 1 N N N 1.107  36.086 17.834 9.231   2.054  3.188  H5  WYD 51 
WYD H6  H6  H 0 1 N N N -0.416 35.376 18.468 9.652   3.392  2.092  H6  WYD 52 
WYD H7  H7  H 0 1 N N N 0.863  34.306 17.801 8.179   3.486  3.087  H7  WYD 53 
WYD H8  H8  H 0 1 N N N -1.656 34.362 15.217 6.711   1.270  2.641  H8  WYD 54 
WYD H9  H9  H 0 1 N N N -2.262 31.991 15.831 4.798   -0.112 2.021  H9  WYD 55 
WYD H10 H10 H 0 1 N N N -3.532 33.745 17.299 6.919   -1.209 1.151  H10 WYD 56 
WYD H11 H11 H 0 1 N N N -0.531 33.489 17.857 6.188   1.415  -0.229 H11 WYD 57 
WYD H12 H12 H 0 1 N N N -2.265 21.652 9.498  -11.498 -1.085 -0.494 H12 WYD 58 
WYD H13 H13 H 0 1 N N N -0.986 26.165 18.753 -0.724  -0.231 -1.712 H13 WYD 59 
WYD H14 H14 H 0 1 N N N -3.896 37.777 18.548 10.835  -0.554 -0.283 H14 WYD 60 
WYD H15 H15 H 0 1 N N N -2.477 37.215 19.494 10.205  -0.563 -1.947 H15 WYD 61 
WYD H16 H16 H 0 1 N N N -1.405 23.755 18.604 -1.895  -2.326 -0.555 H16 WYD 62 
WYD H17 H17 H 0 1 N N N 0.283  23.912 18.009 -2.710  -1.378 -1.821 H17 WYD 63 
WYD H18 H18 H 0 1 N N N -1.412 28.677 18.847 1.793   -0.345 -1.371 H18 WYD 64 
WYD H19 H19 H 0 1 N N N -4.954 19.222 6.739  -10.129 4.259  -1.405 H19 WYD 65 
WYD H20 H20 H 0 1 N N N -5.872 18.078 7.776  -11.052 3.370  -2.640 H20 WYD 66 
WYD H21 H21 H 0 1 N N N -1.275 22.320 13.601 -8.612  -3.360 1.667  H21 WYD 67 
WYD H22 H22 H 0 1 N N N -1.334 27.460 16.025 0.165   -0.230 1.211  H22 WYD 68 
WYD H23 H23 H 0 1 N N N 3.047  27.454 18.920 0.018   4.048  -1.522 H23 WYD 69 
WYD H24 H24 H 0 1 N N N 2.952  28.286 17.331 0.785   3.854  0.072  H24 WYD 70 
WYD H25 H25 H 0 1 N N N -2.134 39.515 18.640 12.093  -2.152 -1.702 H25 WYD 71 
WYD H26 H26 H 0 1 N N N -0.952 38.383 17.900 11.210  -3.002 -0.411 H26 WYD 72 
WYD H27 H27 H 0 1 N N N -2.371 38.945 16.953 10.580  -3.011 -2.076 H27 WYD 73 
WYD H28 H28 H 0 1 N N N -3.840 35.950 17.245 8.398   -2.113 -1.255 H28 WYD 74 
WYD H29 H29 H 0 1 N N N -2.087 36.149 16.907 9.027   -2.104 0.409  H29 WYD 75 
WYD H30 H30 H 0 1 N N N 0.668  27.800 19.306 0.817   1.746  -2.133 H30 WYD 76 
WYD H31 H31 H 0 1 N N N 1.305  25.792 17.939 -1.464  2.075  -1.258 H31 WYD 77 
WYD H32 H32 H 0 1 N N N -1.007 22.917 11.203 -10.782 -3.210 0.518  H32 WYD 78 
WYD H33 H33 H 0 1 N N N -3.877 19.052 12.497 -7.850  0.748  0.816  H33 WYD 79 
WYD H34 H34 H 0 1 N N N -3.060 22.789 16.202 -4.255  -0.226 1.289  H34 WYD 80 
WYD H35 H35 H 0 1 N N N -3.777 20.385 14.876 -6.519  -0.449 2.451  H35 WYD 81 
WYD H36 H36 H 0 1 N N N -2.430 19.211 14.693 -6.838  -2.164 2.806  H36 WYD 82 
WYD H37 H37 H 0 1 N N N -4.417 16.935 6.248  -12.468 4.819  -1.343 H37 WYD 83 
WYD H38 H38 H 0 1 N N N -3.101 17.699 6.841  -12.868 3.236  -1.030 H38 WYD 84 
WYD H40 H40 H 0 1 N N N -0.191 30.886 15.607 4.570   2.268  2.086  H40 WYD 85 
WYD H41 H41 H 0 1 N N N -4.554 30.005 20.921 4.229   -4.013 -2.433 H41 WYD 86 
WYD H42 H42 H 0 1 N N N -3.486 27.821 16.888 0.921   -2.403 0.570  H42 WYD 87 
WYD H43 H43 H 0 1 N N N 3.771  29.678 19.027 2.241   4.921  -1.491 H43 WYD 88 
WYD H44 H44 H 0 1 N N N 1.988  26.906 15.962 -0.843  3.023  0.845  H44 WYD 89 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
WYD NAA CAN SING N N 1  
WYD CAN CBG SING N N 2  
WYD CBG CAZ TRIP N N 3  
WYD CAZ CBI SING N N 4  
WYD CAF CBI DOUB Y N 5  
WYD CAF CBA SING Y N 6  
WYD CBI CBB SING Y N 7  
WYD CBA CAP DOUB Y N 8  
WYD CBB CAO DOUB Y N 9  
WYD CAP CAO SING Y N 10 
WYD CAO CBE SING N N 11 
WYD CBE NAC SING N N 12 
WYD NAC NAB SING Y N 13 
WYD NAC CBD SING Y N 14 
WYD O7  C7  DOUB N N 15 
WYD NAB NAE DOUB Y N 16 
WYD O3  C3  SING N N 17 
WYD OBQ CAY SING N N 18 
WYD N2  C7  SING N N 19 
WYD N2  C2  SING N N 20 
WYD CBD CAS DOUB Y N 21 
WYD C7  C8  SING N N 22 
WYD NAE CAS SING Y N 23 
WYD C3  C2  SING N N 24 
WYD C3  C4  SING N N 25 
WYD CAS CAJ SING N N 26 
WYD OBP CAH SING N N 27 
WYD OBP CAJ SING N N 28 
WYD CAQ OBK SING N N 29 
WYD CAQ CAH SING N N 30 
WYD CAQ CAK SING N N 31 
WYD O4  C4  SING N N 32 
WYD O4  CAK SING N N 33 
WYD C2  C1  SING N N 34 
WYD CAY CAH SING N N 35 
WYD CAY CAX SING N N 36 
WYD OBR CAK SING N N 37 
WYD OBR CAX SING N N 38 
WYD CAV CAI SING N N 39 
WYD CAV O1  SING N N 40 
WYD C4  C5  SING N N 41 
WYD CAU CAI SING N N 42 
WYD C1  O1  SING N N 43 
WYD C1  O5  SING N N 44 
WYD CAX CAR SING N N 45 
WYD CAR OBL SING N N 46 
WYD C5  O5  SING N N 47 
WYD C5  C6  SING N N 48 
WYD C6  O6  SING N N 49 
WYD C4  H1  SING N N 50 
WYD C5  H2  SING N N 51 
WYD C6  H3  SING N N 52 
WYD C6  H4  SING N N 53 
WYD C8  H5  SING N N 54 
WYD C8  H6  SING N N 55 
WYD C8  H7  SING N N 56 
WYD N2  H8  SING N N 57 
WYD C3  H9  SING N N 58 
WYD C1  H10 SING N N 59 
WYD C2  H11 SING N N 60 
WYD CAF H12 SING N N 61 
WYD CAH H13 SING N N 62 
WYD CAI H14 SING N N 63 
WYD CAI H15 SING N N 64 
WYD CAJ H16 SING N N 65 
WYD CAJ H17 SING N N 66 
WYD CAK H18 SING N N 67 
WYD CAN H19 SING N N 68 
WYD CAN H20 SING N N 69 
WYD CAP H21 SING N N 70 
WYD CAQ H22 SING N N 71 
WYD CAR H23 SING N N 72 
WYD CAR H24 SING N N 73 
WYD CAU H25 SING N N 74 
WYD CAU H26 SING N N 75 
WYD CAU H27 SING N N 76 
WYD CAV H28 SING N N 77 
WYD CAV H29 SING N N 78 
WYD CAX H30 SING N N 79 
WYD CAY H31 SING N N 80 
WYD CBA H32 SING N N 81 
WYD CBB H33 SING N N 82 
WYD CBD H34 SING N N 83 
WYD CBE H35 SING N N 84 
WYD CBE H36 SING N N 85 
WYD NAA H37 SING N N 86 
WYD NAA H38 SING N N 87 
WYD O3  H40 SING N N 88 
WYD O6  H41 SING N N 89 
WYD OBK H42 SING N N 90 
WYD OBL H43 SING N N 91 
WYD OBQ H44 SING N N 92 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
WYD InChI            InChI                1.03  
;InChI=1S/C30H43N5O11/c1-3-10-42-29-23(32-17(2)38)25(40)27(22(15-37)45-29)46-30-26(41)28(24(39)21(14-36)44-30)43-16-20-13-35(34-33-20)12-19-7-4-6-18(11-19)8-5-9-31/h4,6-7,11,13,21-30,36-37,39-41H,3,9-10,12,14-16,31H2,1-2H3,(H,32,38)/t21-,22-,23-,24+,25-,26-,27-,28+,29-,30+/m1/s1
;
WYD InChIKey         InChI                1.03  UZRLHTZEARMTAQ-JSXKIBNASA-N 
WYD SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "CCCO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O[C@@H]2O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](OCc3cn(Cc4cccc(c4)C#CCN)nn3)[C@H]2O)[C@H](O)[C@H]1NC(C)=O" 
WYD SMILES           CACTVS               3.385 "CCCO[CH]1O[CH](CO)[CH](O[CH]2O[CH](CO)[CH](O)[CH](OCc3cn(Cc4cccc(c4)C#CCN)nn3)[CH]2O)[CH](O)[CH]1NC(C)=O" 
WYD SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CCCO[C@H]1[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O1)CO)O[C@H]2[C@@H]([C@H]([C@H]([C@H](O2)CO)O)OCc3cn(nn3)Cc4cccc(c4)C#CCN)O)O)NC(=O)C" 
WYD SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 "CCCOC1C(C(C(C(O1)CO)OC2C(C(C(C(O2)CO)O)OCc3cn(nn3)Cc4cccc(c4)C#CCN)O)O)NC(=O)C" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
WYD "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 2.0.6 
;~{N}-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-5-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-4-[[1-[[3-(3-azanylprop-1-ynyl)phenyl]methyl]-1,2,3-triazol-4-yl]methoxy]-6-(hydroxymethyl)-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4-oxidanyl-2-propoxy-oxan-3-yl]ethanamide
;
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
WYD "Create component" 2017-01-20 EBI  
WYD "Initial release"  2018-02-28 RCSB 
# 
