data_VYD
# 
_chem_comp.id                                    VYD 
_chem_comp.name                                  "(3S,5R)-5-{[4-(2-chlorophenyl)-2,2-dimethyl-5-oxopiperazin-1-yl]methyl}-N-(3-methylbutyl)piperidine-3-carboxamide" 
_chem_comp.type                                  NON-POLYMER 
_chem_comp.pdbx_type                             HETAIN 
_chem_comp.formula                               "C24 H37 Cl N4 O2" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               ? 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2012-10-11 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2012-12-14 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        449.029 
_chem_comp.one_letter_code                       ? 
_chem_comp.three_letter_code                     VYD 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        3VYD 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBJ 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
VYD C1  C1  C  0 1 Y N N 173.425 199.537 92.513  6.950   2.484  -0.277 C1  VYD 1  
VYD C2  C2  C  0 1 Y N N 172.967 198.317 92.046  7.909   1.713  0.353  C2  VYD 2  
VYD C3  C3  C  0 1 Y N N 174.335 199.600 93.550  5.666   1.999  -0.437 C3  VYD 3  
VYD C4  C4  C  0 1 Y N N 173.413 197.134 92.603  7.587   0.453  0.824  C4  VYD 4  
VYD C5  C5  C  0 1 Y N N 174.782 198.435 94.119  5.340   0.733  0.030  C5  VYD 5  
VYD C6  C6  C  0 1 Y N N 174.321 197.234 93.641  6.305   -0.038 0.667  C6  VYD 6  
VYD C7  C7  C  0 1 N N N 175.265 198.374 96.451  3.144   0.475  0.833  C7  VYD 7  
VYD C8  C8  C  0 1 N N N 178.989 201.490 101.885 -4.804  -0.356 -0.031 C8  VYD 8  
VYD C9  C9  C  0 1 N N N 175.700 199.470 97.321  1.733   -0.036 0.773  C9  VYD 9  
VYD C10 C10 C  0 1 N N N 178.127 201.098 99.659  -2.366  -0.740 -0.285 C10 VYD 10 
VYD C11 C11 C  0 1 N N N 178.958 203.353 100.397 -3.404  1.362  -1.145 C11 VYD 11 
VYD C12 C12 C  0 1 N N N 178.035 203.163 98.245  -1.025  1.016  -1.448 C12 VYD 12 
VYD C13 C13 C  0 1 N N N 176.821 199.334 94.885  3.724   -0.510 -1.343 C13 VYD 13 
VYD C14 C14 C  0 1 N N S 179.156 201.860 100.472 -3.453  0.310  -0.035 C14 VYD 14 
VYD C15 C15 C  0 1 N N R 178.196 201.649 98.247  -1.002  -0.047 -0.346 C15 VYD 15 
VYD C16 C16 C  0 1 N N N 177.733 199.180 96.053  2.445   -1.327 -1.136 C16 VYD 16 
VYD C17 C17 C  0 1 N N N 178.921 200.002 95.650  2.717   -2.463 -0.148 C17 VYD 17 
VYD C18 C18 C  0 1 N N N 178.119 197.740 96.309  1.985   -1.909 -2.474 C18 VYD 18 
VYD C19 C19 C  0 1 N N N 182.444 198.652 104.184 -9.778  -0.862 1.612  C19 VYD 19 
VYD C20 C20 C  0 1 N N N 182.791 201.152 104.017 -10.781 1.168  0.553  C20 VYD 20 
VYD C21 C21 C  0 1 N N N 177.129 201.101 97.341  0.083   -1.080 -0.656 C21 VYD 21 
VYD C22 C22 C  0 1 N N N 180.470 200.187 104.215 -8.316  0.780  0.425  C22 VYD 22 
VYD C23 C23 C  0 1 N N N 180.095 201.625 104.035 -7.231  -0.270 0.175  C23 VYD 23 
VYD C24 C24 C  0 1 N N N 181.937 200.031 104.593 -9.688  0.104  0.428  C24 VYD 24 
VYD N25 N25 N  0 1 N N N 179.121 203.767 99.011  -2.080  1.997  -1.162 N25 VYD 25 
VYD N26 N26 N  0 1 N N N 175.699 198.493 95.151  4.041   0.239  -0.131 N26 VYD 26 
VYD N27 N27 N  0 1 N N N 177.131 199.651 97.298  1.402   -0.437 -0.601 N27 VYD 27 
VYD N28 N28 N  0 1 N N N 180.106 201.808 102.611 -5.917  0.378  0.172  N28 VYD 28 
VYD O29 O29 O  0 1 N N N 174.579 197.514 96.950  3.483   1.133  1.794  O29 VYD 29 
VYD O30 O30 O  0 1 N N N 177.973 200.968 102.303 -4.892  -1.552 -0.211 O30 VYD 30 
VYD CL  CL  CL 0 0 N N N 174.913 195.823 94.365  5.902   -1.619 1.260  CL  VYD 31 
VYD H1  H1  H  0 1 N N N 173.067 200.450 92.061  7.203   3.469  -0.641 H1  VYD 32 
VYD H2  H2  H  0 1 N N N 172.253 198.290 91.237  8.911   2.095  0.477  H2  VYD 33 
VYD H3  H3  H  0 1 N N N 174.690 200.555 93.908  4.916   2.605  -0.925 H3  VYD 34 
VYD H4  H4  H  0 1 N N N 173.068 196.175 92.244  8.339   -0.147 1.315  H4  VYD 35 
VYD H5  H5  H  0 1 N N N 175.220 200.401 96.984  1.631   -0.897 1.435  H5  VYD 36 
VYD H6  H6  H  0 1 N N N 175.388 199.249 98.352  1.049   0.750  1.094  H6  VYD 37 
VYD H7  H7  H  0 1 N N N 177.122 201.253 100.078 -2.369  -1.467 0.527  H7  VYD 38 
VYD H8  H8  H  0 1 N N N 178.363 200.024 99.659  -2.561  -1.247 -1.230 H8  VYD 39 
VYD H9  H9  H  0 1 N N N 179.705 203.859 101.027 -3.590  0.884  -2.107 H9  VYD 40 
VYD H10 H10 H  0 1 N N N 177.948 203.612 100.746 -4.167  2.119  -0.962 H10 VYD 41 
VYD H11 H11 H  0 1 N N N 178.065 203.534 97.210  -0.060  1.521  -1.485 H11 VYD 42 
VYD H12 H12 H  0 1 N N N 177.071 203.430 98.702  -1.222  0.539  -2.408 H12 VYD 43 
VYD H13 H13 H  0 1 N N N 177.326 199.017 93.961  4.549   -1.182 -1.579 H13 VYD 44 
VYD H14 H14 H  0 1 N N N 176.499 200.381 94.786  3.579   0.185  -2.170 H14 VYD 45 
VYD H15 H15 H  0 1 N N N 180.167 201.601 100.126 -3.280  0.789  0.929  H15 VYD 46 
VYD H16 H16 H  0 1 N N N 179.180 201.402 97.823  -0.791  0.427  0.612  H16 VYD 47 
VYD H17 H17 H  0 1 N N N 179.679 199.967 96.446  3.039   -2.046 0.806  H17 VYD 48 
VYD H18 H18 H  0 1 N N N 179.347 199.598 94.720  1.806   -3.043 -0.002 H18 VYD 49 
VYD H19 H19 H  0 1 N N N 178.608 201.044 95.488  3.500   -3.110 -0.545 H19 VYD 50 
VYD H20 H20 H  0 1 N N N 178.790 197.689 97.179  2.809   -2.454 -2.935 H20 VYD 51 
VYD H21 H21 H  0 1 N N N 177.214 197.148 96.509  1.148   -2.587 -2.307 H21 VYD 52 
VYD H22 H22 H  0 1 N N N 178.634 197.336 95.425  1.671   -1.099 -3.134 H22 VYD 53 
VYD H23 H23 H  0 1 N N N 181.797 197.878 104.623 -9.000  -1.620 1.522  H23 VYD 54 
VYD H24 H24 H  0 1 N N N 182.427 198.566 103.088 -9.643  -0.310 2.542  H24 VYD 55 
VYD H25 H25 H  0 1 N N N 183.474 198.518 104.546 -10.756 -1.343 1.614  H25 VYD 56 
VYD H26 H26 H  0 1 N N N 182.387 202.123 104.339 -10.645 1.719  1.484  H26 VYD 57 
VYD H27 H27 H  0 1 N N N 183.825 201.047 104.377 -10.716 1.855  -0.290 H27 VYD 58 
VYD H28 H28 H  0 1 N N N 182.778 201.095 102.919 -11.758 0.686  0.556  H28 VYD 59 
VYD H29 H29 H  0 1 N N N 177.298 201.485 96.324  0.039   -1.884 0.080  H29 VYD 60 
VYD H30 H30 H  0 1 N N N 176.148 201.442 97.704  -0.081  -1.491 -1.652 H30 VYD 61 
VYD H31 H31 H  0 1 N N N 179.848 199.753 105.012 -8.144  1.257  1.389  H31 VYD 62 
VYD H32 H32 H  0 1 N N N 180.285 199.650 103.273 -8.283  1.531  -0.364 H32 VYD 63 
VYD H33 H33 H  0 1 N N N 180.829 202.285 104.520 -7.264  -1.021 0.963  H33 VYD 64 
VYD H34 H34 H  0 1 N N N 179.095 201.823 104.448 -7.403  -0.747 -0.790 H34 VYD 65 
VYD H35 H35 H  0 1 N N N 182.004 200.095 105.689 -9.824  -0.448 -0.502 H35 VYD 66 
VYD H36 H36 H  0 1 N N N 180.003 203.451 98.661  -1.899  2.480  -0.295 H36 VYD 67 
VYD H39 H39 H  0 1 N N N 180.921 202.164 102.154 -5.847  1.334  0.316  H39 VYD 68 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
VYD C2  C1  DOUB Y N 1  
VYD C2  C4  SING Y N 2  
VYD C1  C3  SING Y N 3  
VYD C4  C6  DOUB Y N 4  
VYD C3  C5  DOUB Y N 5  
VYD C6  C5  SING Y N 6  
VYD C6  CL  SING N N 7  
VYD C5  N26 SING N N 8  
VYD C13 N26 SING N N 9  
VYD C13 C16 SING N N 10 
VYD N26 C7  SING N N 11 
VYD C17 C16 SING N N 12 
VYD C16 C18 SING N N 13 
VYD C16 N27 SING N N 14 
VYD C7  O29 DOUB N N 15 
VYD C7  C9  SING N N 16 
VYD N27 C9  SING N N 17 
VYD N27 C21 SING N N 18 
VYD C21 C15 SING N N 19 
VYD C12 C15 SING N N 20 
VYD C12 N25 SING N N 21 
VYD C15 C10 SING N N 22 
VYD N25 C11 SING N N 23 
VYD C10 C14 SING N N 24 
VYD C11 C14 SING N N 25 
VYD C14 C8  SING N N 26 
VYD C8  O30 DOUB N N 27 
VYD C8  N28 SING N N 28 
VYD N28 C23 SING N N 29 
VYD C20 C24 SING N N 30 
VYD C23 C22 SING N N 31 
VYD C19 C24 SING N N 32 
VYD C22 C24 SING N N 33 
VYD C1  H1  SING N N 34 
VYD C2  H2  SING N N 35 
VYD C3  H3  SING N N 36 
VYD C4  H4  SING N N 37 
VYD C9  H5  SING N N 38 
VYD C9  H6  SING N N 39 
VYD C10 H7  SING N N 40 
VYD C10 H8  SING N N 41 
VYD C11 H9  SING N N 42 
VYD C11 H10 SING N N 43 
VYD C12 H11 SING N N 44 
VYD C12 H12 SING N N 45 
VYD C13 H13 SING N N 46 
VYD C13 H14 SING N N 47 
VYD C14 H15 SING N N 48 
VYD C15 H16 SING N N 49 
VYD C17 H17 SING N N 50 
VYD C17 H18 SING N N 51 
VYD C17 H19 SING N N 52 
VYD C18 H20 SING N N 53 
VYD C18 H21 SING N N 54 
VYD C18 H22 SING N N 55 
VYD C19 H23 SING N N 56 
VYD C19 H24 SING N N 57 
VYD C19 H25 SING N N 58 
VYD C20 H26 SING N N 59 
VYD C20 H27 SING N N 60 
VYD C20 H28 SING N N 61 
VYD C21 H29 SING N N 62 
VYD C21 H30 SING N N 63 
VYD C22 H31 SING N N 64 
VYD C22 H32 SING N N 65 
VYD C23 H33 SING N N 66 
VYD C23 H34 SING N N 67 
VYD C24 H35 SING N N 68 
VYD N25 H36 SING N N 69 
VYD N28 H39 SING N N 70 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
VYD SMILES           ACDLabs              12.01 "Clc3ccccc3N2C(=O)CN(CC1CNCC(C(=O)NCCC(C)C)C1)C(C2)(C)C"                                                                                                                   
VYD InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C24H37ClN4O2/c1-17(2)9-10-27-23(31)19-11-18(12-26-13-19)14-28-15-22(30)29(16-24(28,3)4)21-8-6-5-7-20(21)25/h5-8,17-19,26H,9-16H2,1-4H3,(H,27,31)/t18-,19+/m1/s1" 
VYD InChIKey         InChI                1.03  XGYKQWJDBJCEAW-MOPGFXCFSA-N                                                                                                                                                
VYD SMILES_CANONICAL CACTVS               3.370 "CC(C)CCNC(=O)[C@@H]1CNC[C@@H](C1)CN2CC(=O)N(CC2(C)C)c3ccccc3Cl"                                                                                                           
VYD SMILES           CACTVS               3.370 "CC(C)CCNC(=O)[CH]1CNC[CH](C1)CN2CC(=O)N(CC2(C)C)c3ccccc3Cl"                                                                                                               
VYD SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 1.7.6 "CC(C)CCNC(=O)[C@H]1C[C@H](CNC1)CN2CC(=O)N(CC2(C)C)c3ccccc3Cl"                                                                                                             
VYD SMILES           "OpenEye OEToolkits" 1.7.6 "CC(C)CCNC(=O)C1CC(CNC1)CN2CC(=O)N(CC2(C)C)c3ccccc3Cl"                                                                                                                     
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id 
_pdbx_chem_comp_identifier.type 
_pdbx_chem_comp_identifier.program 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier 
VYD "SYSTEMATIC NAME" ACDLabs              12.01 "(3S,5R)-5-{[4-(2-chlorophenyl)-2,2-dimethyl-5-oxopiperazin-1-yl]methyl}-N-(3-methylbutyl)piperidine-3-carboxamide"            
VYD "SYSTEMATIC NAME" "OpenEye OEToolkits" 1.7.6 "(3S,5R)-5-[[4-(2-chlorophenyl)-2,2-dimethyl-5-oxidanylidene-piperazin-1-yl]methyl]-N-(3-methylbutyl)piperidine-3-carboxamide" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
VYD "Create component" 2012-10-11 PDBJ 
VYD "Initial release"  2012-12-14 RCSB 
# 
