data_6G6
#

_chem_comp.id                                   6G6
_chem_comp.name                                 "2-amino-9-{5-O-[(R)-{[(S)-{dichloro[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2-O-methyl-beta-D-ribofuranosyl}-7-methyl-9H-purin-7-ium-6-olate"
_chem_comp.type                                 NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C13 H21 Cl2 N5 O16 P4"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2016-04-05
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2019-09-04
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       698.131
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    6G6
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       5J5Y
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 EBI
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
6G6  O1   O5P  O    0  1  N  N  N  -58.424  -33.182  50.016  -8.916  -0.886   1.828  O1   6G6   1  
6G6  P1   PA   P    0  1  N  N  N  -58.906  -34.644  49.541  -8.114  -1.869   0.836  P1   6G6   2  
6G6  O2   OA1  O    0  1  N  N  N  -58.224  -35.696  50.382  -8.104  -3.358   1.449  O2   6G6   3  
6G6  O3   OA2  O    0  1  N  N  N  -60.404  -34.725  49.700  -8.778  -1.884  -0.486  O3   6G6   4  
6G6  O4   OAB  O    0  1  N  N  N  -58.555  -34.853  47.985  -6.600  -1.346   0.670  O4   6G6   5  
6G6  P2   PB   P    0  1  N  N  N  -58.077  -36.280  47.414  -5.919  -0.128  -0.132  P2   6G6   6  
6G6  O5   OB2  O    0  1  N  N  N  -58.541  -36.423  45.984  -6.479   1.155   0.350  O5   6G6   7  
6G6  O6   OB1  O    0  1  N  N  N  -58.681  -37.360  48.279  -6.221  -0.287  -1.706  O6   6G6   8  
6G6  C1   CBC  C    0  1  N  N  N  -56.232  -36.307  47.432  -4.118  -0.148   0.146  C1   6G6   9  
6G6  CL1  CL1  CL   0  0  N  N  N  -55.638  -35.923  49.071  -3.780   0.030   1.908  CL1  6G6  10  
6G6  CL2  CL2  CL   0  0  N  N  N  -55.717  -35.014  46.313  -3.436  -1.711  -0.441  CL2  6G6  11  
6G6  P3   PC   P    0  1  N  N  N  -55.386  -37.842  46.871  -3.347   1.231  -0.763  P3   6G6  12  
6G6  O7   OC2  O    0  1  N  N  N  -56.037  -38.339  45.600  -3.906   2.513  -0.281  O7   6G6  13  
6G6  O8   OC1  O    0  1  N  N  N  -55.402  -38.914  47.936  -3.648   1.071  -2.336  O8   6G6  14  
6G6  O9   OCD  O    0  1  N  N  N  -53.878  -37.456  46.489  -1.756   1.213  -0.517  O9   6G6  15  
6G6  P4   PD   P    0  1  N  N  N  -52.510  -37.733  47.297  -0.535   2.134  -1.021  P4   6G6  16  
6G6  O10  OD2  O    0  1  N  N  N  -51.813  -38.903  46.648  -0.910   3.561  -0.896  O10  6G6  17  
6G6  O11  OD1  O    0  1  N  N  N  -52.641  -37.809  48.784  -0.210   1.798  -2.561  O11  6G6  18  
6G6  O12  O5*  O    0  1  N  N  N  -51.642  -36.432  46.949   0.766   1.841  -0.120  O12  6G6  19  
6G6  C2   C5*  C    0  1  N  N  N  -52.277  -35.158  47.043   1.985   2.576  -0.251  C2   6G6  20  
6G6  C3   C4*  C    0  1  N  N  R  -51.205  -34.120  46.816   3.012   2.042   0.750  C3   6G6  21  
6G6  O13  O4*  O    0  1  N  N  N  -50.116  -34.431  47.672   3.380   0.697   0.403  O13  6G6  22  
6G6  C4   C3*  C    0  1  N  N  R  -50.604  -34.152  45.432   4.293   2.897   0.692  C4   6G6  23  
6G6  O14  O3*  O    0  1  N  N  N  -51.422  -33.408  44.521   4.552   3.496   1.963  O14  6G6  24  
6G6  C5   C2*  C    0  1  N  N  R  -49.252  -33.514  45.669   5.408   1.886   0.332  C5   6G6  25  
6G6  O15  O2*  O    0  1  N  N  N  -49.373  -32.083  45.531   6.595   2.146   1.084  O15  6G6  26  
6G6  C6   CM2  C    0  1  N  N  N  -49.074  -31.335  46.721   7.514   3.026   0.433  C6   6G6  27  
6G6  C7   C1*  C    0  1  N  N  R  -48.920  -33.979  47.086   4.771   0.537   0.753  C7   6G6  28  
6G6  N1   N9   N    0  1  Y  N  N  -48.017  -35.141  46.989   5.368  -0.572   0.004  N1   6G6  29  
6G6  C8   C8   C    0  1  Y  N  N  -48.330  -36.447  47.038   4.878  -1.128  -1.141  C8   6G6  30  
6G6  N2   N7   N    1  1  Y  N  N  -47.205  -37.173  46.875   5.659  -2.091  -1.537  N2   6G6  31  
6G6  C9   CM7  C    0  1  N  N  N  -47.144  -38.656  46.890   5.449  -2.914  -2.730  C9   6G6  32  
6G6  C10  C5   C    0  1  Y  N  N  -46.206  -36.291  46.700   6.697  -2.214  -0.673  C10  6G6  33  
6G6  C11  C4   C    0  1  Y  N  N  -46.723  -35.018  46.774   6.525  -1.237   0.323  C11  6G6  34  
6G6  N3   N3   N    0  1  Y  N  N  -45.917  -33.949  46.642   7.419  -1.146   1.301  N3   6G6  35  
6G6  C12  C2   C    0  1  Y  N  N  -44.591  -34.160  46.421   8.459  -1.963   1.340  C12  6G6  36  
6G6  N4   N2   N    0  1  N  N  N  -43.751  -33.117  46.271   9.370  -1.839   2.376  N4   6G6  37  
6G6  N5   N1   N    0  1  Y  N  N  -44.069  -35.406  46.359   8.658  -2.899   0.420  N5   6G6  38  
6G6  C13  C6   C    0  1  Y  N  N  -44.845  -36.496  46.505   7.819  -3.054  -0.595  C13  6G6  39  
6G6  O16  O6   O   -1  1  N  N  N  -44.282  -37.699  46.432   8.031  -4.012  -1.529  O16  6G6  40  
6G6  H1   H1   H    0  1  N  N  N  -59.177  -32.675  50.296  -8.535  -0.827   2.715  H1   6G6  41  
6G6  H2   H2   H    0  1  N  N  N  -58.879  -36.203  50.847  -8.984  -3.737   1.576  H2   6G6  42  
6G6  H3   H3   H    0  1  N  N  N  -59.236  -37.918  47.748  -5.882  -1.107  -2.090  H3   6G6  43  
6G6  H4   H4   H    0  1  N  N  N  -55.821  -39.695  47.594  -3.309   0.251  -2.721  H4   6G6  44  
6G6  H5   H5   H    0  1  N  N  N  -52.248  -38.616  49.096   0.044   0.878  -2.718  H5   6G6  45  
6G6  H6   H6   H    0  1  N  N  N  -52.723  -35.030  48.040   2.372   2.461  -1.264  H6   6G6  46  
6G6  H7   H7   H    0  1  N  N  N  -53.060  -35.068  46.276   1.797   3.630  -0.052  H7   6G6  47  
6G6  H8   H8   H    0  1  N  N  N  -51.604  -33.117  47.028   2.594   2.065   1.756  H8   6G6  48  
6G6  H9   H9   H    0  1  N  N  N  -50.478  -35.192  45.097   4.207   3.661  -0.081  H9   6G6  49  
6G6  H10  H10  H    0  1  N  N  N  -52.255  -33.851  44.409   3.884   4.139   2.238  H10  6G6  50  
6G6  H11  H11  H    0  1  N  N  N  -48.514  -33.919  44.960   5.616   1.900  -0.738  H11  6G6  51  
6G6  H12  H12  H    0  1  N  N  N  -49.193  -30.260  46.519   7.031   3.986   0.251  H12  6G6  52  
6G6  H13  H13  H    0  1  N  N  N  -49.762  -31.635  47.525   8.388   3.173   1.068  H13  6G6  53  
6G6  H14  H14  H    0  1  N  N  N  -48.038  -31.537  47.030   7.824   2.590  -0.517  H14  6G6  54  
6G6  H15  H15  H    0  1  N  N  N  -48.457  -33.162  47.660   4.881   0.379   1.827  H15  6G6  55  
6G6  H16  H16  H    0  1  N  N  N  -49.321  -36.850  47.184   3.976  -0.815  -1.645  H16  6G6  56  
6G6  H17  H17  H    0  1  N  N  N  -48.152  -39.063  47.058   5.940  -2.447  -3.584  H17  6G6  57  
6G6  H18  H18  H    0  1  N  N  N  -46.760  -39.017  45.925   5.869  -3.906  -2.566  H18  6G6  58  
6G6  H19  H19  H    0  1  N  N  N  -46.475  -38.987  47.698   4.380  -3.000  -2.929  H19  6G6  59  
6G6  H21  H21  H    0  1  N  N  N  -42.821  -33.455  46.129   9.239  -1.160   3.057  H21  6G6  60  
6G6  H22  H22  H    0  1  N  N  N  -44.032  -32.574  45.480  10.138  -2.429   2.420  H22  6G6  61  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
6G6  O14  C4   SING  N  N   1  
6G6  C4   C5   SING  N  N   2  
6G6  C4   C3   SING  N  N   3  
6G6  O15  C5   SING  N  N   4  
6G6  O15  C6   SING  N  N   5  
6G6  O7   P3   DOUB  N  N   6  
6G6  C5   C7   SING  N  N   7  
6G6  O5   P2   DOUB  N  N   8  
6G6  N4   C12  SING  N  N   9  
6G6  CL2  C1   SING  N  N  10  
6G6  N5   C12  SING  Y  N  11  
6G6  N5   C13  DOUB  Y  N  12  
6G6  C12  N3   DOUB  Y  N  13  
6G6  O16  C13  SING  N  N  14  
6G6  O9   P3   SING  N  N  15  
6G6  O9   P4   SING  N  N  16  
6G6  C13  C10  SING  Y  N  17  
6G6  N3   C11  SING  Y  N  18  
6G6  O10  P4   DOUB  N  N  19  
6G6  C10  C11  DOUB  Y  N  20  
6G6  C10  N2   SING  Y  N  21  
6G6  C11  N1   SING  Y  N  22  
6G6  C3   C2   SING  N  N  23  
6G6  C3   O13  SING  N  N  24  
6G6  P3   C1   SING  N  N  25  
6G6  P3   O8   SING  N  N  26  
6G6  N2   C9   SING  N  N  27  
6G6  N2   C8   DOUB  Y  N  28  
6G6  O12  C2   SING  N  N  29  
6G6  O12  P4   SING  N  N  30  
6G6  N1   C8   SING  Y  N  31  
6G6  N1   C7   SING  N  N  32  
6G6  C7   O13  SING  N  N  33  
6G6  P4   O11  SING  N  N  34  
6G6  P2   C1   SING  N  N  35  
6G6  P2   O4   SING  N  N  36  
6G6  P2   O6   SING  N  N  37  
6G6  C1   CL1  SING  N  N  38  
6G6  O4   P1   SING  N  N  39  
6G6  P1   O3   DOUB  N  N  40  
6G6  P1   O1   SING  N  N  41  
6G6  P1   O2   SING  N  N  42  
6G6  O1   H1   SING  N  N  43  
6G6  O2   H2   SING  N  N  44  
6G6  O6   H3   SING  N  N  45  
6G6  O8   H4   SING  N  N  46  
6G6  O11  H5   SING  N  N  47  
6G6  C2   H6   SING  N  N  48  
6G6  C2   H7   SING  N  N  49  
6G6  C3   H8   SING  N  N  50  
6G6  C4   H9   SING  N  N  51  
6G6  O14  H10  SING  N  N  52  
6G6  C5   H11  SING  N  N  53  
6G6  C6   H12  SING  N  N  54  
6G6  C6   H13  SING  N  N  55  
6G6  C6   H14  SING  N  N  56  
6G6  C7   H15  SING  N  N  57  
6G6  C8   H16  SING  N  N  58  
6G6  C9   H17  SING  N  N  59  
6G6  C9   H18  SING  N  N  60  
6G6  C9   H19  SING  N  N  61  
6G6  N4   H21  SING  N  N  62  
6G6  N4   H22  SING  N  N  63  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
6G6  SMILES            ACDLabs               12.01  "OP(=O)(O)OP(C(Cl)(Cl)P(O)(=O)OP(O)(=O)OCC1OC(C(C1O)OC)n2c[n+](C)c3c2nc(N)nc3[O-])(O)=O"  
6G6  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C13H21Cl2N5O16P4/c1-19-4-20(9-6(19)10(22)18-12(16)17-9)11-8(32-2)7(21)5(34-11)3-33-40(30,31)36-38(25,26)13(14,15)37(23,24)35-39(27,28)29/h4-5,7-8,11,21H,3H2,1-2H3,(H7-,16,17,18,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31)/t5-,7-,8-,11-/m1/s1"  
6G6  InChIKey          InChI                 1.03   ULCNCADMRQHHSX-IOSLPCCCSA-N  
6G6  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.385  "CO[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)C(Cl)(Cl)[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O[C@H]1n2c[n+](C)c3c([O-])nc(N)nc23"  
6G6  SMILES            CACTVS                3.385  "CO[CH]1[CH](O)[CH](CO[P](O)(=O)O[P](O)(=O)C(Cl)(Cl)[P](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O[CH]1n2c[n+](C)c3c([O-])nc(N)nc23"  
6G6  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  2.0.4  "C[n+]1cn(c2c1c(nc(n2)N)[O-])[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)OP(=O)(C(P(=O)(O)OP(=O)(O)O)(Cl)Cl)O)O)OC"  
6G6  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  2.0.4  "C[n+]1cn(c2c1c(nc(n2)N)[O-])C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)OP(=O)(C(P(=O)(O)OP(=O)(O)O)(Cl)Cl)O)O)OC"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
6G6  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               12.01  "2-amino-9-{5-O-[(R)-{[(S)-{dichloro[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2-O-methyl-beta-D-ribofuranosyl}-7-methyl-9H-purin-7-ium-6-olate"  
6G6  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  2.0.4  "2-azanyl-9-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-[[[[bis(chloranyl)-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]methyl]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]-7-methyl-purin-7-ium-6-olate"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
6G6  "Create component"    2016-04-05  EBI   
6G6  "Modify formula"      2016-04-05  EBI   
6G6  "Other modification"  2016-04-06  EBI   
6G6  "Initial release"     2017-05-10  RCSB  
6G6  "Other modification"  2019-09-04  EBI   
##
