data_6G4
# 
_chem_comp.id                                    6G4 
_chem_comp.name                                  "4-oxononanoyl lysine" 
_chem_comp.type                                  "peptide linking" 
_chem_comp.pdbx_type                             ATOMP 
_chem_comp.formula                               "C15 H28 N2 O4" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               Lys 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         Nepsilon 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2016-05-12 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2024-09-27 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        300.394 
_chem_comp.one_letter_code                       K 
_chem_comp.three_letter_code                     6G4 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        5g4c 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  EBI 
_chem_comp.pdbx_pcm                              N 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.pdbx_backbone_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_n_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_c_terminal_atom_flag 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
6G4 N   N1  N 0 1 N N N N N N -18.044 -14.782 -40.510 6.922   1.446  -0.816 N   6G4 1  
6G4 CA  C1  C 0 1 N N S N N N -18.215 -15.665 -39.351 6.813   0.369  0.177  CA  6G4 2  
6G4 C   C2  C 0 1 N N N N N N -19.651 -15.478 -38.959 7.992   -0.560 0.042  C   6G4 3  
6G4 CB  C3  C 0 1 N N N N N N -17.247 -15.250 -38.253 5.519   -0.413 -0.057 CB  6G4 4  
6G4 CG  C4  C 0 1 N N N N N N -15.947 -14.740 -38.866 4.318   0.500  0.203  CG  6G4 5  
6G4 CD  C5  C 0 1 N N N N N N -14.772 -14.946 -37.919 3.024   -0.281 -0.032 CD  6G4 6  
6G4 CE  C6  C 0 1 N N N N N N -13.485 -14.368 -38.496 1.823   0.631  0.228  CE  6G4 7  
6G4 NZ  N2  N 0 1 N N N N N N -12.444 -15.174 -37.880 0.584   -0.117 0.003  NZ  6G4 8  
6G4 O1  O1  O 0 1 N N N N N N -20.348 -14.758 -39.711 8.630   -0.581 -0.984 O1  6G4 9  
6G4 O11 O2  O 0 1 N N N N N N -7.679  -15.628 -38.323 -4.312  -1.297 -0.367 O11 6G4 10 
6G4 C5  C7  C 0 1 N N N N N N -7.863  -15.827 -37.136 -4.359  -0.138 -0.029 C5  6G4 11 
6G4 C6  C8  C 0 1 N N N N N N -6.820  -16.546 -36.318 -5.692  0.538  0.161  C6  6G4 12 
6G4 C7  C9  C 0 1 N N N N N N -5.452  -15.929 -36.580 -6.816  -0.457 -0.135 C7  6G4 13 
6G4 C8  C10 C 0 1 N N N N N N -4.374  -16.724 -35.854 -8.169  0.229  0.058  C8  6G4 14 
6G4 C9  C11 C 0 1 N N N N N N -2.985  -16.158 -36.121 -9.293  -0.766 -0.238 C9  6G4 15 
6G4 C10 C12 C 0 1 N N N N N N -1.945  -16.927 -35.336 -10.646 -0.079 -0.045 C10 6G4 16 
6G4 C4  C13 C 0 1 N N N N N N -9.141  -15.366 -36.483 -3.084  0.631  0.202  C4  6G4 17 
6G4 C3  C14 C 0 1 N N N N N N -10.322 -16.035 -37.172 -1.883  -0.281 -0.058 C3  6G4 18 
6G4 C1  C15 C 0 1 N N N N N N -11.127 -15.005 -37.926 -0.608  0.488  0.173  C1  6G4 19 
6G4 O2  O3  O 0 1 N N N N N N -10.579 -14.092 -38.525 -0.655  1.652  0.512  O2  6G4 20 
6G4 O3  O4  O 0 1 N Y N N N N -20.450 -16.513 -39.196 8.333   -1.365 1.061  O3  6G4 21 
6G4 H1  H1  H 0 1 N N N N N N -17.102 -14.844 -40.841 6.934   1.073  -1.753 H1  6G4 22 
6G4 H2  H2  H 0 1 N N N N N N -18.672 -15.061 -41.237 6.177   2.118  -0.703 H2  6G4 23 
6G4 H4  H4  H 0 1 N N N N N N -18.033 -16.713 -39.633 6.802   0.798  1.179  H4  6G4 24 
6G4 H5  H5  H 0 1 N N N N N N -17.702 -14.451 -37.649 5.490   -0.767 -1.087 H5  6G4 25 
6G4 H6  H6  H 0 1 N N N N N N -17.031 -16.117 -37.611 5.481   -1.265 0.622  H6  6G4 26 
6G4 H7  H7  H 0 1 N N N N N N -15.753 -15.285 -39.801 4.347   0.854  1.233  H7  6G4 27 
6G4 H8  H8  H 0 1 N N N N N N -16.049 -13.666 -39.082 4.356   1.352  -0.476 H8  6G4 28 
6G4 H9  H9  H 0 1 N N N N N N -14.991 -14.448 -36.963 2.995   -0.636 -1.062 H9  6G4 29 
6G4 H10 H10 H 0 1 N N N N N N -14.635 -16.024 -37.748 2.986   -1.133 0.647  H10 6G4 30 
6G4 H11 H11 H 0 1 N N N N N N -13.465 -14.470 -39.591 1.852   0.985  1.258  H11 6G4 31 
6G4 H12 H12 H 0 1 N N N N N N -13.374 -13.308 -38.224 1.861   1.483  -0.451 H12 6G4 32 
6G4 H13 H13 H 0 1 N N N N N N -12.762 -15.961 -37.351 0.621   -1.048 -0.268 H13 6G4 33 
6G4 H15 H15 H 0 1 N N N N N N -7.065  -16.454 -35.250 -5.779  0.888  1.189  H15 6G4 34 
6G4 H16 H16 H 0 1 N N N N N N -6.802  -17.609 -36.600 -5.769  1.386  -0.520 H16 6G4 35 
6G4 H17 H17 H 0 1 N N N N N N -5.248  -15.941 -37.661 -6.729  -0.808 -1.164 H17 6G4 36 
6G4 H18 H18 H 0 1 N N N N N N -5.445  -14.891 -36.217 -6.738  -1.305 0.545  H18 6G4 37 
6G4 H19 H19 H 0 1 N N N N N N -4.572  -16.689 -34.773 -8.256  0.580  1.086  H19 6G4 38 
6G4 H20 H20 H 0 1 N N N N N N -4.407  -17.768 -36.199 -8.247  1.077  -0.623 H20 6G4 39 
6G4 H21 H21 H 0 1 N N N N N N -2.761  -16.237 -37.195 -9.207  -1.116 -1.267 H21 6G4 40 
6G4 H22 H22 H 0 1 N N N N N N -2.960  -15.101 -35.818 -9.216  -1.614 0.442  H22 6G4 41 
6G4 H23 H23 H 0 1 N N N N N N -0.948  -16.508 -35.538 -10.724 0.769  -0.726 H23 6G4 42 
6G4 H24 H24 H 0 1 N N N N N N -2.165  -16.848 -34.261 -11.447 -0.788 -0.256 H24 6G4 43 
6G4 H25 H25 H 0 1 N N N N N N -1.966  -17.985 -35.638 -10.733 0.271  0.983  H25 6G4 44 
6G4 H26 H26 H 0 1 N N N N N N -9.230  -14.274 -36.578 -3.046  1.483  -0.477 H26 6G4 45 
6G4 H27 H27 H 0 1 N N N N N N -9.131  -15.642 -35.418 -3.055  0.985  1.232  H27 6G4 46 
6G4 H28 H28 H 0 1 N N N N N N -10.961 -16.516 -36.416 -1.921  -1.134 0.621  H28 6G4 47 
6G4 H29 H29 H 0 1 N N N N N N -9.951  -16.795 -37.876 -1.913  -0.636 -1.088 H29 6G4 48 
6G4 H30 H30 H 0 1 N N N N N N -21.142 -16.250 -39.791 9.096   -1.944 0.927  H30 6G4 49 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
6G4 N   CA  SING N N 1  
6G4 O1  C   DOUB N N 2  
6G4 CA  C   SING N N 3  
6G4 CA  CB  SING N N 4  
6G4 CG  CB  SING N N 5  
6G4 CG  CD  SING N N 6  
6G4 O2  C1  DOUB N N 7  
6G4 CE  CD  SING N N 8  
6G4 CE  NZ  SING N N 9  
6G4 O11 C5  DOUB N N 10 
6G4 C1  NZ  SING N N 11 
6G4 C1  C3  SING N N 12 
6G4 C3  C4  SING N N 13 
6G4 C5  C4  SING N N 14 
6G4 C5  C6  SING N N 15 
6G4 C7  C6  SING N N 16 
6G4 C7  C8  SING N N 17 
6G4 C9  C8  SING N N 18 
6G4 C9  C10 SING N N 19 
6G4 C   O3  SING N N 20 
6G4 N   H1  SING N N 21 
6G4 N   H2  SING N N 22 
6G4 CA  H4  SING N N 23 
6G4 CB  H5  SING N N 24 
6G4 CB  H6  SING N N 25 
6G4 CG  H7  SING N N 26 
6G4 CG  H8  SING N N 27 
6G4 CD  H9  SING N N 28 
6G4 CD  H10 SING N N 29 
6G4 CE  H11 SING N N 30 
6G4 CE  H12 SING N N 31 
6G4 NZ  H13 SING N N 32 
6G4 C6  H15 SING N N 33 
6G4 C6  H16 SING N N 34 
6G4 C7  H17 SING N N 35 
6G4 C7  H18 SING N N 36 
6G4 C8  H19 SING N N 37 
6G4 C8  H20 SING N N 38 
6G4 C9  H21 SING N N 39 
6G4 C9  H22 SING N N 40 
6G4 C10 H23 SING N N 41 
6G4 C10 H24 SING N N 42 
6G4 C10 H25 SING N N 43 
6G4 C4  H26 SING N N 44 
6G4 C4  H27 SING N N 45 
6G4 C3  H28 SING N N 46 
6G4 C3  H29 SING N N 47 
6G4 O3  H30 SING N N 48 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
6G4 InChI            InChI                1.03  "InChI=1S/C15H28N2O4/c1-2-3-4-7-12(18)9-10-14(19)17-11-6-5-8-13(16)15(20)21/h13H,2-11,16H2,1H3,(H,17,19)(H,20,21)/t13-/m0/s1" 
6G4 InChIKey         InChI                1.03  DRLGGTGYYIGHGQ-ZDUSSCGKSA-N                                                                                                   
6G4 SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@H](N)C(O)=O"                                                                                        
6G4 SMILES           CACTVS               3.385 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[CH](N)C(O)=O"                                                                                         
6G4 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.5 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCC[C@@H](C(=O)O)N"                                                                                       
6G4 SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.5 "CCCCCC(=O)CCC(=O)NCCCCC(C(=O)O)N"                                                                                            
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           6G4 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.5 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "(2~{S})-2-azanyl-6-(4-oxidanylidenenonanoylamino)hexanoic acid" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
6G4 "Create component"   2016-05-12 EBI  
6G4 "Other modification" 2016-06-07 EBI  
6G4 "Initial release"    2017-05-03 RCSB 
6G4 "Other modification" 2019-04-12 EBI  
6G4 "Modify synonyms"    2021-03-01 PDBE 
6G4 "Modify PCM"         2024-09-27 PDBE 
# 
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal      1 
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id      6G4 
_pdbx_chem_comp_synonyms.name         Nepsilon 
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance   ? 
_pdbx_chem_comp_synonyms.type         ? 
# 
