data_EQ0
# 
_chem_comp.id                                    EQ0 
_chem_comp.name                                  "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanyl-7-oxidanyl-imidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" 
_chem_comp.type                                  "RNA linking" 
_chem_comp.pdbx_type                             ATOMN 
_chem_comp.formula                               "C11 H15 N4 O8 P" 
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id               G 
_chem_comp.pdbx_synonyms                         ? 
_chem_comp.pdbx_formal_charge                    0 
_chem_comp.pdbx_initial_date                     2022-01-12 
_chem_comp.pdbx_modified_date                    2022-08-22 
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                   N 
_chem_comp.pdbx_release_status                   REL 
_chem_comp.pdbx_replaced_by                      ? 
_chem_comp.pdbx_replaces                         ? 
_chem_comp.formula_weight                        362.233 
_chem_comp.one_letter_code                       G 
_chem_comp.three_letter_code                     EQ0 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details        ? 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details        Corina 
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag   N 
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code        7QP2 
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list                ? 
_chem_comp.pdbx_processing_site                  PDBE 
# 
loop_
_chem_comp_atom.comp_id 
_chem_comp_atom.atom_id 
_chem_comp_atom.alt_atom_id 
_chem_comp_atom.type_symbol 
_chem_comp_atom.charge 
_chem_comp_atom.pdbx_align 
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag 
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_atom.model_Cartn_x 
_chem_comp_atom.model_Cartn_y 
_chem_comp_atom.model_Cartn_z 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal 
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id 
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id 
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal 
EQ0 C1     C1  C 0 1 Y N N -7.444  -1.387 4.526 5.590  -0.636 0.474  C1     EQ0 1  
EQ0 C2     C2  C 0 1 Y N N -8.249  -0.542 3.785 4.932  0.472  1.002  C2     EQ0 2  
EQ0 C4     C3  C 0 1 Y N N -9.997  -0.541 5.402 2.899  -0.224 0.146  C4     EQ0 3  
EQ0 C5     C4  C 0 1 Y N N -9.331  -1.382 6.254 3.489  -1.368 -0.411 C5     EQ0 4  
EQ0 C6     C5  C 0 1 Y N N -8.007  -1.856 5.870 4.870  -1.574 -0.247 C6     EQ0 5  
EQ0 "C1'"  C6  C 0 1 N N R -12.172 0.563  5.376 0.530  0.679  0.190  "C1'"  EQ0 6  
EQ0 "C2'"  C7  C 0 1 N N R -13.600 0.203  5.756 0.438  1.790  -0.879 "C2'"  EQ0 7  
EQ0 "C3'"  C8  C 0 1 N N S -14.322 1.436  5.233 -1.073 2.103  -0.967 "C3'"  EQ0 8  
EQ0 "C4'"  C9  C 0 1 N N R -13.379 2.542  5.670 -1.714 1.144  0.060  "C4'"  EQ0 9  
EQ0 "C5'"  C10 C 0 1 N N N -13.813 3.123  6.994 -3.057 0.628  -0.460 "C5'"  EQ0 10 
EQ0 C8     C11 C 0 1 Y N N -11.251 -0.885 7.152 1.374  -1.439 -0.892 C8     EQ0 11 
EQ0 N2     N1  N 0 1 N N N -7.813  -0.071 2.530 5.656  1.414  1.726  N2     EQ0 12 
EQ0 N3     N2  N 0 1 Y N N -9.554  -0.077 4.197 3.632  0.646  0.828  N3     EQ0 13 
EQ0 N7     N3  N 0 1 Y N N -10.165 -1.606 7.423 2.504  -2.067 -1.031 N7     EQ0 14 
EQ0 N9     N4  N 0 1 Y N N -11.139 -0.251 6.011 1.561  -0.295 -0.174 N9     EQ0 15 
EQ0 "O2'"  O1  O 0 1 N N N -14.033 -1.012 5.195 1.168  2.946  -0.465 "O2'"  EQ0 16 
EQ0 "O3'"  O2  O 0 1 N N N -14.328 1.409  3.823 -1.324 3.463  -0.607 "O3'"  EQ0 17 
EQ0 "O4'"  O3  O 0 1 N N N -12.051 1.916  5.751 -0.773 0.056  0.188  "O4'"  EQ0 18 
EQ0 "O5'"  O4  O 0 1 N N N -12.974 4.165  7.460 -3.688 -0.163 0.550  "O5'"  EQ0 19 
EQ0 O6     O5  O 0 1 N N N -7.299  -2.695 6.690 5.481  -2.662 -0.780 O6     EQ0 20 
EQ0 OP1    O6  O 0 1 N N N -14.498 6.051  6.541 -6.119 0.151  -0.049 OP1    EQ0 21 
EQ0 OP2    O7  O 0 1 N N N -12.456 6.463  8.046 -5.010 -1.985 -0.808 OP2    EQ0 22 
EQ0 P      P1  P 0 1 N N N -13.197 5.702  7.049 -5.121 -0.867 0.346  P      EQ0 23 
EQ0 H1     H1  H 0 1 N N N -6.471  -1.699 4.176 6.652  -0.760 0.621  H1     EQ0 24 
EQ0 "H1'"  H2  H 0 1 N N N -12.076 0.473  4.284 0.743  1.111  1.168  "H1'"  EQ0 25 
EQ0 "H2'"  H3  H 0 1 N N N -13.684 0.176  6.852 0.809  1.429  -1.838 "H2'"  EQ0 26 
EQ0 "H3'"  H4  H 0 1 N N N -15.322 1.547  5.679 -1.448 1.896  -1.969 "H3'"  EQ0 27 
EQ0 "H4'"  H5  H 0 1 N N N -13.373 3.335  4.908 -1.846 1.647  1.019  "H4'"  EQ0 28 
EQ0 "H5''" H6  H 0 0 N N N -14.832 3.522  6.881 -3.698 1.472  -0.713 "H5''" EQ0 29 
EQ0 "H5'"  H7  H 0 1 N N N -13.815 2.317  7.743 -2.893 0.018  -1.348 "H5'"  EQ0 30 
EQ0 H8     H8  H 0 1 N N N -12.118 -0.830 7.794 0.426  -1.773 -1.288 H8     EQ0 31 
EQ0 H22    H9  H 0 1 N N N -8.513  0.524  2.135 5.207  2.190  2.097  H22    EQ0 32 
EQ0 H21    H10 H 0 1 N N N -6.964  0.444  2.644 6.609  1.296  1.859  H21    EQ0 33 
EQ0 "HO2'" H12 H 0 0 N N N -13.537 -1.730 5.571 1.144  3.675  -1.099 "HO2'" EQ0 34 
EQ0 H2     H13 H 0 1 N N N -14.912 0.723  3.521 -0.943 4.108  -1.218 H2     EQ0 35 
EQ0 H4     H14 H 0 1 N N N -7.805  -2.875 7.473 5.503  -3.429 -0.191 H4     EQ0 36 
EQ0 H5     H15 H 0 1 N N N -12.964 7.222  8.307 -4.372 -2.686 -0.615 H5     EQ0 37 
EQ0 OP3    O8  O 0 1 N Y N -12.235 5.795  5.789 -5.579 -1.562 1.724  OP3    EQ0 38 
EQ0 H3     H16 H 0 1 N N N -12.737 6.052  5.025 -6.436 -2.006 1.674  H3     EQ0 39 
# 
loop_
_chem_comp_bond.comp_id 
_chem_comp_bond.atom_id_1 
_chem_comp_bond.atom_id_2 
_chem_comp_bond.value_order 
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag 
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config 
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal 
EQ0 N2    C2     SING N N 1  
EQ0 C2    N3     DOUB Y N 2  
EQ0 C2    C1     SING Y N 3  
EQ0 "O3'" "C3'"  SING N N 4  
EQ0 N3    C4     SING Y N 5  
EQ0 C1    C6     DOUB Y N 6  
EQ0 "O2'" "C2'"  SING N N 7  
EQ0 "C3'" "C4'"  SING N N 8  
EQ0 "C3'" "C2'"  SING N N 9  
EQ0 "C1'" "O4'"  SING N N 10 
EQ0 "C1'" "C2'"  SING N N 11 
EQ0 "C1'" N9     SING N N 12 
EQ0 C4    N9     SING Y N 13 
EQ0 C4    C5     DOUB Y N 14 
EQ0 "C4'" "O4'"  SING N N 15 
EQ0 "C4'" "C5'"  SING N N 16 
EQ0 C6    C5     SING Y N 17 
EQ0 C6    O6     SING N N 18 
EQ0 N9    C8     SING Y N 19 
EQ0 C5    N7     SING Y N 20 
EQ0 OP1   P      DOUB N N 21 
EQ0 "C5'" "O5'"  SING N N 22 
EQ0 P     "O5'"  SING N N 23 
EQ0 P     OP2    SING N N 24 
EQ0 C8    N7     DOUB Y N 25 
EQ0 C1    H1     SING N N 26 
EQ0 "C1'" "H1'"  SING N N 27 
EQ0 "C2'" "H2'"  SING N N 28 
EQ0 "C3'" "H3'"  SING N N 29 
EQ0 "C4'" "H4'"  SING N N 30 
EQ0 "C5'" "H5''" SING N N 31 
EQ0 "C5'" "H5'"  SING N N 32 
EQ0 C8    H8     SING N N 33 
EQ0 N2    H22    SING N N 34 
EQ0 N2    H21    SING N N 35 
EQ0 "O2'" "HO2'" SING N N 36 
EQ0 "O3'" H2     SING N N 37 
EQ0 O6    H4     SING N N 38 
EQ0 OP2   H5     SING N N 39 
EQ0 OP3   P      SING N N 40 
EQ0 OP3   H3     SING N N 41 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id 
_pdbx_chem_comp_descriptor.type 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program 
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version 
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor 
EQ0 InChI            InChI                1.06  "InChI=1S/C11H15N4O8P/c12-6-1-4(16)7-10(14-6)15(3-13-7)11-9(18)8(17)5(23-11)2-22-24(19,20)21/h1,3,5,8-9,11,17-18H,2H2,(H3,12,14,16)(H2,19,20,21)/t5-,8-,9-,11-/m1/s1" 
EQ0 InChIKey         InChI                1.06  RKVDRBUBGMVIFI-MGUDNFKCSA-N                                                                                                                                           
EQ0 SMILES_CANONICAL CACTVS               3.385 "Nc1cc(O)c2ncn([C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]3O)c2n1"                                                                                                     
EQ0 SMILES           CACTVS               3.385 "Nc1cc(O)c2ncn([CH]3O[CH](CO[P](O)(O)=O)[CH](O)[CH]3O)c2n1"                                                                                                           
EQ0 SMILES_CANONICAL "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1c(c2c(nc1N)n(cn2)[C@H]3[C@@H]([C@@H]([C@H](O3)COP(=O)(O)O)O)O)O"                                                                                                   
EQ0 SMILES           "OpenEye OEToolkits" 2.0.7 "c1c(c2c(nc1N)n(cn2)C3C(C(C(O3)COP(=O)(O)O)O)O)O"                                                                                                                     
# 
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id           EQ0 
_pdbx_chem_comp_identifier.type              "SYSTEMATIC NAME" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program           "OpenEye OEToolkits" 
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version   2.0.7 
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier        "[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(5-azanyl-7-oxidanyl-imidazo[4,5-b]pyridin-3-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate" 
# 
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id 
_pdbx_chem_comp_audit.action_type 
_pdbx_chem_comp_audit.date 
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site 
EQ0 "Create component"  2022-01-12 PDBE 
EQ0 "Initial release"   2022-07-20 RCSB 
EQ0 "Modify descriptor" 2022-08-22 RCSB 
# 
